<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">

Dear gmx developers,

<div>The short range energy terms (Coul and VdW) for a single water molecule in the bulk (rigid TIP3P) simulated with gmx-2020 and extracted from edr-file are exact zero. The result looks strange to me. The same but with gmx-5.1 gives non-zero (presumably correct)

 interaction energy of water.</div>

<div><br>

</div>

<div>How I do it:</div>

<div>1. Generate an index file with indices of the specific water molecule in the bulk (e.g. for the 1st H2O it is just 1 2 3) to be monitored.</div>

<div>2. Specify the energy group of the molecule to be monitored in mdp file and run MD.</div>

<div>3. After MD, use gmx energy to get LJ and Coulomb (SR) interactions of the energy group from the edr file.</div>

<div>The computed with gmx-2020 non-bonded (SR) energies of this energy group are zero.</div>

<div><br>

</div>

<div>Please, let me know if I am doing something wrong. Otherwise, it looks like a bug because old version (gmx-5.1) results in non-zero energies that looks reasonable.</div>

<div><br>

</div>

<div>Thanks,</div>

Igor<br>

</div>

</body>

</html>