<div dir="ltr">Hi all,<div><br></div><div>I&#39;m in another meeting the next hour and can&#39;t join the devcall. </div><div><br></div><div>However, in relation to this particular change: Given that we&#39;re past the beta deadline, I don&#39;t think we should start changing fundamental parts of CMake or build infrastructure unless it&#39;s a direct bugfix - in particular not if it means changes going into master after beta1, because the basic build infrastructure is the type of stuff we rely most on actually testing in the beta.</div><div><br></div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Oct 6, 2021 at 4:11 PM Eric Irrgang &lt;<a href="mailto:ericirrgang@gmail.com">ericirrgang@gmail.com</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex">CI scripting:<br>
<br>
<a href="https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/merge_requests/2008" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/merge_requests/2008</a> takes a step that I think will improve the maintainability and usability of the CI job logic, and which I think will also make it easier to prototype new jobs. Are there any more questions or is this ready to approve and merge?<br>
<br>
<br>
pybind11 template library updates:<br>
<br>
I noticed that I had hoped to resolve <a href="https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4092" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4092</a> by now. I could just update the bundled pybind, but I propose instead to stop bundling pybind11 with the project sources and use updated pybind+cmake infrastructure to get the dependency through the Python installation. This means some updates to our CMake infrastructure and, thus, a less trivial review. Can I get some reviewers to volunteer?<br>
<br>
<br>
expanded gmxapi access to TPR file contents:<br>
<br>
I&#39;m currently working on <a href="https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/3295" rel="noreferrer" target="_blank">https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/3295</a> to allow re-writing the coordinates in a simulation input source. This brings up some many questions about interfaces and terminology that have been on the back burner for a while. Most immediately, I hope to get feedback on which design questions need further discussion before following through on giving Numpy access to coordinates in TPR files.<br>
<br>
<br>
&gt; On Oct 6, 2021, at 1:07 PM, <a href="mailto:e.jjordan12@gmail.com" target="_blank">e.jjordan12@gmail.com</a> wrote:<br>
&gt; <br>
&gt; Hello Devs,<br>
&gt; <br>
&gt; We have another meeting today. Please respond here with discussion topics.<br>
&gt; <br>
&gt; Thanks,<br>
&gt; Joe<br>
&gt; <br>
&gt; GROMACS Developer bi-weekly videoconference<br>
&gt; When<br>
&gt; Wed Oct 6, 2021 17:00 – 18:00 Central European Time - Stockholm       <br>
&gt; Where<br>
&gt; <a href="https://kth-se.zoom.us/j/69661654037?pwd=VUxPY01qTTFndUoyczhETis1b2F3UT09" rel="noreferrer" target="_blank">https://kth-se.zoom.us/j/69661654037?pwd=VUxPY01qTTFndUoyczhETis1b2F3UT09</a> (map)       <br>
&gt; Who<br>
&gt; •     <br>
&gt; <a href="mailto:e.jjordan12@gmail.com" target="_blank">e.jjordan12@gmail.com</a> - organizer<br>
&gt;  <br>
&gt; Paul Bauer is inviting you to a scheduled Zoom meeting.<br>
&gt; Join Zoom Meeting<br>
&gt; <a href="https://kth-se.zoom.us/j/69661654037?pwd=VUxPY01qTTFndUoyczhETis1b2F3UT09" rel="noreferrer" target="_blank">https://kth-se.zoom.us/j/69661654037?pwd=VUxPY01qTTFndUoyczhETis1b2F3UT09</a><br>
&gt; <br>
&gt; Meeting ID: 696 6165 4037<br>
&gt; Password: gmxdevs<br>
&gt; <br>
&gt; One tap mobile<br>
&gt; +46850163827,,69661654037# Sweden<br>
&gt; +46850500828,,69661654037# Sweden<br>
&gt; <br>
&gt; Dial by your location<br>
&gt;         +46 8 5016 3827 Sweden<br>
&gt;         +46 8 5050 0828 Sweden<br>
&gt;         +46 8 5050 0829 Sweden<br>
&gt;         +46 8 5052 0017 Sweden<br>
&gt;         +46 850 539 728 Sweden<br>
&gt;         +46 8 4468 2488 Sweden<br>
&gt; Meeting ID: 696 6165 4037<br>
&gt; Find your local number: <a href="https://kth-se.zoom.us/zoomconference" rel="noreferrer" target="_blank">https://kth-se.zoom.us/zoomconference</a><br>
&gt; <br>
&gt; Join by SIP<br>
&gt; <a href="mailto:69661654037@zoom.nordu.net" target="_blank">69661654037@zoom.nordu.net</a><br>
&gt; <br>
&gt; From a KTH Cisco Video System you can just input 69661654037 and then the CALL-button<br>
&gt; <br>
&gt; Join by H.323<br>
&gt; 109.105.112.236<br>
&gt; 109.105.112.235<br>
&gt; Meeting ID: 696 6165 4037<br>
&gt; Password: 586750<br>
&gt; <br>
&gt; -- <br>
&gt; Gromacs Developers mailing list<br>
&gt; <br>
&gt; * Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
&gt; <br>
&gt; * Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
&gt; <br>
&gt; * For (un)subscribe requests visit<br>
&gt; <a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.<br>
<br>
-- <br>
Gromacs Developers mailing list<br>
<br>
* Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/GMX-developers_List</a> before posting!<br>
<br>
* Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
* For (un)subscribe requests visit<br>
<a href="https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers" rel="noreferrer" target="_blank">https://maillist.sys.kth.se/mailman/listinfo/gromacs.org_gmx-developers</a> or send a mail to <a href="mailto:gmx-developers-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-developers-request@gromacs.org</a>.</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;</div><div>Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm University</div><div>Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</div><div><br></div><div>Note: I frequently do email outside office hours because it is a convenient time for me to write, but please do not interpret that as an expectation for you to respond outside your work hours.<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div>