<div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Lorién,<br><div><br></div></div><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Jan 11, 2022 at 11:21 AM Lorién López Villellas &lt;<a href="mailto:lorien.lopez@bsc.es">lorien.lopez@bsc.es</a>&gt; wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Hi all.<br><br>As a first approach, we want to collect all the coordinates on the master rank, execute the solver, and send the updated results to the other ranks. </div></blockquote><div><br></div><div>Stop right there ;-)</div><div><br></div><div>This approach is never going to scale, and you might as well stick with a non-MPI implementation. Don&#39;t think of having two nodes, but imagine having a molecule with ~500,000 atoms split over 100 chains that is run on 1000 nodes.  If you try to execute part of the problem on a single node you will first be killed by the communication, and then by the master node having 10x more work to do even if your algorithm is only 1% of the runtime (meaning a 10x performance loss).</div><div><br></div><div>To have any chance of getting impact for a new parallel constraints algorithm (which is a VERY worthwhile effort per se), you need to find a way to</div><div><br></div><div>1) Balance the computational load such that all nodes in the system can help</div><div>2) Find a way where you only need to communicate to close neighbors - never ever collect all data on a single node every step.</div><div><br></div><div><br></div><div> </div><div>Cheers,</div><div><br></div><div>Erik</div></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Erik Lindahl &lt;<a href="mailto:erik.lindahl@dbb.su.se" target="_blank">erik.lindahl@dbb.su.se</a>&gt;</div><div>Professor of Biophysics, Dept. Biochemistry &amp; Biophysics, Stockholm University</div><div>Science for Life Laboratory, Box 1031, 17121 Solna, Sweden</div><div><br></div><div>Note: I frequently do email outside office hours because it is a convenient time for me to write, but please do not interpret that as an expectation for you to respond outside your work hours.<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>