<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<META content="MSHTML 5.50.4134.600" name=GENERATOR>
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<DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hello,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I am still a "kindergarten" user of GROMACS, but 
already with serious troubles:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1)In the file ffgmx.rtp, we can read in the [ 
bondedtypes ] field that the dihedrals function is set to 1. But I do want to 
use both 1 and 3 functions in my molecule (DPPC). In fact, even&nbsp;after 
the&nbsp;[ dihedrals ] field&nbsp;of the&nbsp;&nbsp;[ DPPC ] molecule in the 
ffgmx.rtp file&nbsp;has been&nbsp;written explicitly&nbsp;by me, with both 1 and 
3 dihedral functions, the ??.top output of pdb2gmx program contained only 
dihedrals of type 1 ! I have not forgotten to use the CP2, CP3 atom types in the 
type 3&nbsp;dihedrals.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Must I re-compile the program, after making such 
modifications in the ??.rtp files ?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2)The program grompp complains that the angles in 
the [ angles ] field of my ??.top (output of pdb2gmx) don't exist in the 
ffgmx&nbsp;force field. Why ? I am surprised with that because the [ angles ] 
field in the .rtp file&nbsp;is optional, and I only have to write it down, 
should I want to override the&nbsp;.itp values.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Could anybody help me ?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Bye.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Pedro L. 
Loureiro&nbsp;&nbsp;</FONT></DIV></FONT></DIV></BODY></HTML>