<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

Hi everyone,

<p>&nbsp; First of all, thanks to Jithesh for advising me to run mdrun

as an executable to mpirun, instead of running it

<br>as it is. Initially it still does not work and I got:

<br>Missing: program name

<br>Program mdrun either does not exist, is not

executable, or is an erroneous argument to mpirun.

<p>But then I decide to specify the whole path to mdrun instead:

<br>mpirun -np 2 /usr/local/gromacs/i686-pc-linux-gnu/bin/mdrun -s topol.tpr

-o traj.trr -c confout.gro -e ener.edr -g md.log -np 2

and it worked!!

Finally after so many trials, it worked...

<p>So, in summary after configuring gromacs with --enable-mpi, we run MPI-aware

mdrun using the native mpirun, in

MPICH or LAM.

<br>&nbsp;

Have a wonderful New Year!

<br>cheers,

<br>choon peng

<pre>--&nbsp;

Choon-Peng Chng

Scientific Programmer

BioInformatics Institute (BII)

30 Medical Drive, Level 1 IMCB Building, Singapore 117609

Tel: (65)8746173</pre>

</html>