<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 TRANSITIONAL//EN">
<HTML>
<HEAD>
  <META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; CHARSET=UTF-8">
  <META NAME="GENERATOR" CONTENT="GtkHTML/1.0.1">
</HEAD>
<BODY>

<BR>
Hi,
<BR>
I'm studying the diffusion of metal ions into a protein active site and would like to run a brownian dynamics simulation with&nbsp; gromacs.&nbsp; However, I get the following output as soon as I start the simulation
<BR>

<BR>

<PRE>&nbsp;&nbsp; Energies (kJ/mol)
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp; Improper Dih.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ-14
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb (SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan
&nbsp;&nbsp; Total Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nan&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00
</PRE>
I am using the Gromos96 Vacuum force field ffG43b1 and my bd.mdp file is as follows:
<BR>

<PRE>cpp                                = /lib/cpp
define                                = 
integrator                        = bd
dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;                         = 1.000
nsteps                                = 500000
nstxout                                = 5000
nstvout                                = 5000
nstlog                                = 5000
nstenergy                        = 250
energygrps                        = Protein ZN2
bd_temp                                = 300
bd_fric                                = 0
ld_seed                         = 173529
tc_grps                                = Protein ZN2
tau_t                                = 0.1&nbsp; 0.1&nbsp; 
ref_t                                = 300&nbsp; 300 
nstlist                                = 10
ns_type                                = grid
constraint_algorithm                = lincs
lincs_order                        = 8
coulombtype                        = cut-off
rvdw                                = 1.4
rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;                         = 1.4
rcoulomb                        = 1.4
pbc                                = no
</PRE>
Any help with what I may be doing wrong is highly appreciated.
<BR>

<BR>

<BR>
Michel
</BODY>
</HTML>