<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

<body text="#000099" bgcolor="#CCCCCC" link="#006600" vlink="#FF0000" alink="#999900">

Hi,

<p>You have to use

<p>g_angle -n angle.ndx -ov

<p>Unforunately it is necessary to define only ONE dihedral in angle.ndx

since g_angle calculates averages ;-(

<p>Gruesse,

<br>rainer

<p>Nguyen Hoang Phuong wrote:

<blockquote TYPE=CITE>Dear Dr. David van der Spoel,

<p>g_chi program can only give me the distribution of phi (or psi). I would

like to see&nbsp; phi=phi(t) (or&nbsp; psi=psi(t)).

<p>Phuong

<br>------

<p>> On Thu, 21 Feb 2002, Nguyen Hoang Phuong wrote:

<br>>

> >I am a new Gromacs user. I have simulated the small peptide in H2O.

I would like to see

<br>> >the functions phi=phi(t) or psi=psi(t). I am not very

<br>> >family with the output files and it will take time to extract

> >data. Therefore any help to plot this function is appreciated.

<br>>

> Check out the g_chi program. It does all that you want.

<br>>

<br>> Groeten, David.

<br>> ________________________________________________________________________

<br>> Dr. David van der Spoel,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Biomedical

center, Dept. of Biochemistry

<br>> Husargatan 3, Box 576,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

75123 Uppsala, Sweden

<br>> phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fax: 46 18 511 755

<br>> spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp; <a href="http://zorn.bmc.uu.se/~spoel">http://zorn.bmc.uu.se/~spoel</a>

<br>> ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

<br>>

<br>> _______________________________________________

<br>> gmx-users mailing list

<br>> gmx-users@gromacs.org

<br>> <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>> Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

> www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

<br>>

<p>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

Rainer B&ouml;ckmann&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

Theoretical Molecular Biophysics Group

Max-Planck-Institute for Biophysical Chemistry

Am Fa&szlig;berg 11

D-37077 G&ouml;ttingen

Tel.: +49(551)201-1141, Fax.: +49(551)201-1089

email: rboeckm@gwdg.de</pre>

&nbsp;

</body>

</html>