<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD><TITLE id=ridTitle>Blank</TITLE>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<STYLE><!-- body  { font-family: Arial, Helvetica; font-size: 10pt; color: #000000; margin-top: 25px; margin-left: 25px; } P.msoNormal, LI.msoNormal  { font-family: Helvetica, "Times New Roman"; font-size: 10pt; margin-top: 0px; margin-left: 0px; color: "#ffffcc"; } --></STYLE>

<META content="MSHTML 6.00.2716.2200" name=GENERATOR></HEAD>
<BODY id=ridBody background=cid:025580918@24072002-126c>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4>Hi,</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <FONT size=4>I'm 
interested in looking at backbone N-H or Ca-H order parameters, and comparing 
then to and NMR experiment. I have a couple of questions..</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4>(1) My simulations were done 
with the GROMACS force field that does not include the hydrogens explicitly. 
Although these hydrogens exist in the trajectory files, can I accurately get 
good rotational autocorralation data from these?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4>(2) I'm using the g_rotacf 
program to do my analysis, looking at individual N-H bonds at specific residues 
(using the '-d' parameter). Is there an easier way to extract a list of 
rotational autocorrelation times for a type of bond (ex: backbone N-H bonds) or 
backbone model-free order parameters?</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4>I appreciate any advice and 
suggestions, thanks.</FONT></SPAN></DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4></FONT></SPAN>&nbsp;</DIV>
<DIV><SPAN class=025580918-24072002><FONT size=4>Justin</FONT></SPAN></DIV>
<P>&nbsp;</P></BODY></HTML>