
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>

<META content="MSHTML 5.00.3315.2870" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Dear All:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am 

using GROMACS 3.1.4 to simulating 2-walled carbon nanotubes, as:</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

---------------------</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

---------------------------------------</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

---------------------------------------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -&gt; 

Inner Layer Tubule</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

---------------------&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

-&gt; Outer Layer Tubule</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Intralayer potential I use morse bonds and G96 angles, Interlayer I use 

L-J(6-12) potential,</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>and I write files as:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>1)nt.gro:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>multiwalled nanotube</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 400</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 NT_I&nbsp; 

C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 3.294&nbsp;&nbsp; 2.830&nbsp;&nbsp; 

2.570&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; .0000</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ....</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 NT_I&nbsp; 

C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;200&nbsp;&nbsp; 3.294&nbsp;&nbsp; 2.830&nbsp;&nbsp; 

2.570&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; .0000</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1 

NT_O&nbsp; C_O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;201&nbsp;&nbsp; 3.294&nbsp;&nbsp; 

2.830&nbsp;&nbsp; 2.570&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; .0000&nbsp;&nbsp; 

.0000</FONT></FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; ....</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp;20&nbsp;50</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>(I use C_I and C_O to specify the carbon atom in 

innertube and outertube)</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>2)nt.top</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>#include "nt.itp"<BR>[ moleculetype 

]<BR>&nbsp;&nbsp; nt&nbsp;&nbsp;1<BR>&nbsp;[ atoms ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp; C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 MWNT&nbsp; C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp; .000&nbsp; 12.011<BR>......</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>(I do not need charge group, so set them from 

1~400, because the large number of the same charge group must &lt;64 

?)&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>[bonds]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .141800&nbsp; 

478.900000&nbsp;&nbsp; 21.867000</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>......</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>[angles]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp; 14&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 120.000000&nbsp; 

562.200000<BR>&nbsp;......&nbsp;<BR>[ system ]<BR>&nbsp; MultiWalled 

Nanotube<BR>[ molecules ]<BR>&nbsp;nt&nbsp;1<BR>3)nt.itp</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>[ atomtypes ]<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.298007 

&nbsp;2.1961<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; C_O&nbsp;&nbsp;12.01100&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 0.298007 

&nbsp;2.1961<BR>[ nonbond_params ]<BR>&nbsp; C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

C_O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.298007 2.1961 <BR>&nbsp; C_O&nbsp;&nbsp; 

C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.298007 2.1961&nbsp;</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>[ bondtypes ]<BR>C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.1418&nbsp; 478.9&nbsp; 21.867<BR>C_O&nbsp; 

C_O&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 0.1418&nbsp; 478.9&nbsp; 21.867<BR>[ angletypes 

]<BR>C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; C_I&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120&nbsp;&nbsp;&nbsp; 562.2 

<BR>C_O&nbsp;&nbsp;C_O&nbsp; C_O&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 120&nbsp;&nbsp;&nbsp; 562.2</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>4)em.mdp</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; nt<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; none<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

steep<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps 

!<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

100<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

grid<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

1.0<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

1.0<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 

100.0<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp; 0.01</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>--------------------------------------</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>That's all, but I do not know why it will not 

converge, and if I run md, if will give bad results.</FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>I am a freshuser of gromacs, If this post 

abrupt you, I will be very sorry.</FONT></FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial>thank you.</FONT></FONT></DIV>

<DIV><FONT size=2><FONT face=Arial><BR>&nbsp;</DIV></FONT></FONT>

<DIV>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>