
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=iso-8859-1" http-equiv=Content-Type>

<META content="MSHTML 5.00.3315.2870" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2>It's my md.log:</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks very much.</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>-------------------------------</FONT></DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>There are 0 atoms for free energy 

perturbation<BR>Input Parameters:<BR>&nbsp;&nbsp; 

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

steep<BR>&nbsp;&nbsp; 

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Grid<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 10<BR>&nbsp;&nbsp; 

ndelta&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 2<BR>&nbsp;&nbsp; 

bDomDecomp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

decomp_dir&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

init_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

delta_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.002<BR>&nbsp;&nbsp; 

xtcprec&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

nkx&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nky&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nkz&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

4<BR>&nbsp;&nbsp; 

ewald_rtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1e-05<BR>&nbsp;&nbsp; ewald_geometry&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; epsilon_surface&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

ePBC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= xyz<BR>&nbsp;&nbsp; 

bUncStart&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

bShakeSOR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

etc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; 

epc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; 

epctype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Isotropic<BR>&nbsp;&nbsp; 

tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; ref_p (3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ref_p[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; compress 

(3x3):<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 

0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; compress[&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2]={ 

0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00,&nbsp; 0.00000e+00}<BR>&nbsp;&nbsp; 

bSimAnn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; zero_temp_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; rcoulomb_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Cut-off<BR>&nbsp;&nbsp; 

rvdw_switch&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

epsilon_r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1<BR>&nbsp;&nbsp; 

DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= No<BR>&nbsp;&nbsp; 

fudgeQQ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1<BR>&nbsp;&nbsp; 

free_energy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

no<BR>&nbsp;&nbsp; 

init_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

sc_alpha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

sc_sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0.3<BR>&nbsp;&nbsp; 

delta_lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

disre_weighting&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Conservative<BR>&nbsp;&nbsp; 

disre_mixed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

FALSE<BR>&nbsp;&nbsp; 

dr_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

dr_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstdisreout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

orires_fc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

orires_tau&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstorireout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

100<BR>&nbsp;&nbsp; 

em_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.01<BR>&nbsp;&nbsp; 

em_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 100<BR>&nbsp;&nbsp; 

niter&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 20<BR>&nbsp;&nbsp; 

fc_stepsize&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

1000<BR>&nbsp;&nbsp; 

ConstAlg&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= Lincs<BR>&nbsp;&nbsp; 

shake_tol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0.0001<BR>&nbsp;&nbsp; 

lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

4<BR>&nbsp;&nbsp; lincs_warnangle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

30<BR>&nbsp;&nbsp; 

bd_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 300<BR>&nbsp;&nbsp; 

bd_fric&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

ld_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 1993<BR>&nbsp;&nbsp; 

cos_accel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userint4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

= 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

userreal4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 

0<BR>grpopts:<BR>&nbsp;&nbsp; 

nrdf:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1197<BR>&nbsp;&nbsp; 

ref_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

tau_t:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>&nbsp;&nbsp; 

acc:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

nfreeze:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N<BR>&nbsp;&nbsp; 

energygrp_excl[&nbsp; 0]: 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-x:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-xt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-y:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-yt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-z:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>&nbsp;&nbsp; 

efield-zt:<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; n = 0<BR>CPU=&nbsp; 0, 

lastcg=&nbsp; 399, targetcg=&nbsp; 200, myshift=&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>nsb-&gt;shift =&nbsp;&nbsp; 1, nsb-&gt;bshift=&nbsp; 0<BR>Neighbor Search 

Blocks<BR>nsb-&gt;nodeid:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0<BR>nsb-&gt;nnodes:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>nsb-&gt;cgtotal:&nbsp;&nbsp; 400<BR>nsb-&gt;natoms:&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

400<BR>nsb-&gt;shift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1<BR>nsb-&gt;bshift:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<BR>Nodeid&nbsp;&nbsp; 

index&nbsp; homenr&nbsp; cgload&nbsp; workload<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

400</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>Max number of bonds per atom is 3<BR>Table routines 

are used for coulomb: FALSE<BR>Table routines are used for 

vdw:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FALSE<BR>Cut-off's:&nbsp;&nbsp; NS: 1&nbsp;&nbsp; 

Coulomb: 1&nbsp;&nbsp; LJ: 1<BR>Generated table with 500 data points for 

COUL.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for 

LJ6.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Generated table with 500 data points for 

LJ12.<BR>Tabscale = 500 points/nm<BR>Going to determine what solvent types we 

have.<BR>There are 1 molecules, 400 charge groups and 400 atoms<BR>There are 0 

optimized solvent molecules on node 0<BR>There are 0 optimized water molecules 

on node 0<BR>Initiating Steepest Descents<BR>Center of mass motion removal mode 

is Linear<BR>We have the following groups for center of mass motion 

removal:<BR>&nbsp; 0:&nbsp; rest, initial mass: 4804.41<BR>Started Steepest 

Descents on node 0 Thu Aug 15 21:11:46 2002<BR>Removing pbc first time<BR>Done 

rmpbc<BR>Steepest Descents:<BR>&nbsp;&nbsp; 

Tolerance&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

1.00000e+02<BR>&nbsp;&nbsp; Number of steps&nbsp;&nbsp; 

=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100<BR>Grid: 40 x 40 x 

100 cells<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Annealing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Annealing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb 

(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.37389e+02&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.48309e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2.54048e+08&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2.54597e+08<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total 

Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Annealing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000<BR>......</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Step&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Lambda&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Annealing<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

100.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; Energies 

(kJ/mol)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Morse&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

G96Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; Coulomb 

(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

7.36535e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.56517e+05&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

4.03326e+04&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

5.70503e+05<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp;&nbsp; Total 

Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; Temperature Pressure (bar)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.00000e+00&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2><BR>Steepest Descents did not converge in 100 

steps<BR>&nbsp; Potential Energy&nbsp; =&nbsp; 5.70503e+05<BR>Maximum 

force:&nbsp; 4.03849e+04</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;M E G A - F L O P S&nbsp;&nbsp; A C C O U N T 

I N G</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial size=2>&nbsp;&nbsp; RF=Reaction-field&nbsp; Free=Free 

Energy&nbsp; SC=Softcore<BR>&nbsp;&nbsp; 

T=Tabulated&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

S=Solvent&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

W=Water&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; WW=Water-Water</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Computing:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M-Number&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

M-Flop's&nbsp; % 

Flop's<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.569059&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

79.640829&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.3<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Innerloop-Iatom&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.040331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.403310&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

NS-Pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.776331&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

100.302951&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

49.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Reset In 

Box&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.040400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.363600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.2<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Shift-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.040400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.242400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.1<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

CG-CoM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.040400&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.171600&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.6<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Angles&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.106050&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

17.286150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

8.5<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Morse 

Potent.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.056055&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

3.251190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

1.6<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Virial&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002727&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.049086&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

0.0<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Total&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

202.71112&nbsp;&nbsp; 100.0</FONT></DIV>

<DIV>&nbsp;</DIV>

<DIV><FONT face=Arial 

size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

NODE (s)&nbsp;&nbsp; Real (s)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

(%)<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Time:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

2.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 100.0<BR>Finished 

mdrun on node 0 Thu Aug 15 21:11:48 

2002<BR>-------------------------------</FONT></DIV></BODY></HTML>