<P>Hi,</P>
<P>when I run a Conjugate Gradient minimization of a heme containing <BR>protein in<BR>water, I get the folowing error message:<BR><BR>Negative w:&nbsp; -1.994998153216e+12<BR>z=&nbsp; -1.019267687500e+06<BR>gpa=&nbsp;&nbsp; 1.504767444493e+05, gpb=&nbsp;&nbsp; 2.016195132868e+07<BR>a=&nbsp;&nbsp; 0.000000000000e+00, b=&nbsp;&nbsp; 1.142665837506e-07<BR>EpotA=&nbsp; -4.397891875000e+05, EpotB=&nbsp; -4.397883750000e+05<BR>Negative number for sqrt encountered (-1994998153216.000000)<BR>Terminating minimization<BR><BR>writing lowest energy coordinates.<BR><BR>Conjugate Gradients did not converge in 1327 steps<BR>&nbsp; Potential Energy&nbsp; = -4.39789e+05<BR>Maximum force:&nbsp; 5.14396e+02<BR><BR>Could anybody tell me, what "w" means, and why it gets negative?<BR><BR>Thanks in advance<BR><BR>Andrea<BR><BR>-- <BR></P>
<P><FONT color=#4040ff>Hi</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Use double precision....</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Br,</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Satyan Sharma</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Biocomputing Group,</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Dept. Of Biochemistry,</FONT></P>
<P><FONT color=#4040ff>Univ. of Oulu, Finland</FONT></P><p><br><hr size=1><b>Do You Yahoo!?</b><br>
<a href="http://rd.yahoo.com/finance/mailsig/new/*http://finance.yahoo.com">Yahoo! Finance</a> - Get real-time stock quotes