<html><div style='background-color:'><DIV>
<DIV></DIV></DIV>
<P>Dear David,</P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<P>Maybe I did not express my question clearly.&nbsp; I use the same em.mdp(list below) and&nbsp;the same gro file but with the different content of posre.itp(first time: whole protein; second time: the mainchain of the protein;&nbsp;last time:only the Calpha of the protein).&nbsp; The rmsd&nbsp;( last step structure to crystal structure) of every&nbsp; time is identical.&nbsp; So I think although I use "define = -DPOSRE" in em.mdp,&nbsp; the posre.itp is not be used in optimizing progress, otherwise I should get the different rmsd of&nbsp;every time. I&nbsp;guess that there is no position restraints in optimizing process whether using define = -DPOSRE or not.</P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<P>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DPOSRE -DFLEX_SPC<BR>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 100<BR>;<BR>;&nbsp;Energy minimizing stuff<BR>;<BR>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 500<BR>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01</P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<P>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.12<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 4<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>Pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; no</P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<P>&nbsp;</P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<P>Xu yechun<BR><BR><BR></P>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV>
<DIV></DIV></div><br clear=all><hr>与联机的朋友进行交流,请使用 MSN Messenger: <a href='http://g.msn.com/1HM1CNCN/c144??PI=44281'>单击此处</a><br></html>