
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META content="text/html; charset=gb2312" http-equiv=Content-Type>


<META content="MSHTML 5.00.2920.0" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV><FONT size=2>Groeten wrote:</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>&gt;hi, everyone:<BR>&gt;<BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I want to 


add NOE distance restraints to a &gt;small molecule. In ffgmx<BR>&gt;forcefield 


I can't pinpoint hydrogens, but when &gt;I decide to select<BR>&gt;ffgmx2, 


there's "protein only" in the &gt;parentheses, so I'm<BR>&gt;wondering whether 


it's proper to use ffgmx2 for &gt;this 


small<BR>&gt;molecule-NON-protein!<BR><BR>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; It seems 


to be one way to solve this &gt;problem that just use the<BR>&gt;ffgmx 


forcefield with building dummy atoms from &gt;vicinal heavy atoms 


to<BR>&gt;locate the hydrogens which are to be &gt;constrained. Does it make 


sense?<BR><BR><BR>&gt;&gt;You didn't say what your small molecule is, but 


&gt;&gt;try the OPLS force field<BR>&gt;&gt;instead. It is all atom too, and in 


principle &gt;&gt;it is easier to find<BR>&gt;&gt;parameters, since many 


function groups have &gt;&gt;already been parameterized.<BR>This is the 


structure of the small molecule.</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT 


size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


O<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|<BR>C=C-C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C=O<BR>|&nbsp;&nbsp; 


"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "&nbsp;&nbsp; 


"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|<BR>C=C-C-C-C-C-C-p-C-C---N-c-C<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 


|<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 


C---c-C-C-C<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|&nbsp;&nbsp; "&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; 


|<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


c-O-C-C-C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


C-C-C<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


C-C<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


|<BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


C</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>I don't know if what I had said makes sense.</FONT></DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV><FONT size=2>Best Regards,</FONT></DIV>


<DIV><FONT size=2>Songbai Liu</FONT></DIV></BODY></HTML>