<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
<html>

<pre>Hi, all:</pre>

<pre>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I met problems when I tried to install gmx3.0</pre>

<pre>on our alpha cluster (MACHTYPE=alpha;&nbsp; OSTYPE=linux).</pre>

<pre>At first, the installation was fine but it gave:</pre>

<pre>"error in loading shared libraries: libXext.so.6 ..."</pre>

<pre>Then I tried to recompile gmx without x support.</pre>

<pre>I guess: --without-motif-libraries could be the right choice</pre>

<pre>and I also include system libraries by adding "/etc/ld.so.conf"</pre>

<pre>into $path of my .cshrc file. What I did was :</pre>

<pre>"&nbsp; ./configure --prefix=/home/gmx/home3.0 --enable-mpi</pre>

<pre>&nbsp;--enable-x86-asm --without-motif-libraries</pre>

<pre>&nbsp;&nbsp; make&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; "</pre>

<pre>It provided the following message:</pre>

<pre></pre>

<pre>"/opt/binutils-2.13/bin/ld: grompp:</pre>

<pre>Not enough room for program headers (allocated 6, need 7)</pre>

<pre>/opt/binutils-2.13/bin/ld: final link failed: Bad value "</pre>

<pre></pre>

<pre>I am not sure what it means. Should I change my enviroment</pre>

<pre>or change the Makefile? Any hints are sincerely appreciated!!!</pre>

<pre></pre>

<pre>--&nbsp;
Best regards

Yours sincerely

Hao Fan :-)

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Drs. Hao Fan&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; email F.Hao@chem.rug.nl
Lab. of Biophysical Chemistry
University of Groningen
Nijenborgh 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9747 AG GRONINGEN
The Netherlands
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