
<html>

Erik,<br><br>

&gt;Did you add the bonds for the new rtp entry? And did you get any

error messages when running pdb2gmx?<br><br>

No error messages.&nbsp; It generates a .gro, .top and posre.itp

file.<br><br>

Here is a section from what I have added to the .rtp file:<br><br>

[ CHD ]<br>

&nbsp;[ atoms ]<br>

; name&nbsp; type&nbsp; charge chargegroup<br>

&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;

0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp; O12&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;

-0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp; H12&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;

0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

...........................<br><br>

&nbsp;[ bonds

]&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

; atom1

atom2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp;

C13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;

C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp; C14<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp; C17<br>

&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp;

O12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

<br>

&nbsp;&nbsp; O12&nbsp;&nbsp; H12<br>

.............................<br><br>

So I have put in formation on the atom name, type of atom it is, charge

on that atom, group of atoms for charge, and then which atoms are linked

to which.&nbsp; Is the numbering system on the atoms OK? e.g. C1, C2, O2,

H2, C3 ... etc?<br><br>

<blockquote type=cite class=cite cite>By the way - there's a program

called x2top that can create rtp entries from

coordinates...</blockquote><br>

Thank you for point that one out, should make the process a little less

painful ;-)<br><br>

Catch ya,<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

<b>Dr. Dallas Warren<br>

</b><i>Research Fellow<br>

</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>

Victorian College of Pharmacy<br>

Monash University<br>

<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>

</u></font>+61 3 9903 9076</html>