
<html>

Just thought I should provide some further information ....<br><br>

Here is some sections of what I have added to the .rtp file 

.....<br><br>

<font face="Courier New, Courier">[ CHD ]<br>

&nbsp;[ atoms ]<br>

; name&nbsp; type&nbsp; charge chargegroup<br>

&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp;

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;

0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp; CH1&nbsp;&nbsp;

0.150&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp; O12&nbsp;&nbsp;&nbsp; OA&nbsp;

-0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

&nbsp;&nbsp; H12&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;

0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

</font>.....<br>

<font face="Courier New, Courier">&nbsp;[ bonds ]<br>

;atom1 atom2<br>

&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp; C13<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp; C12<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp; C14<br>

&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp; C17<br>

&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp; O12<br>

&nbsp;&nbsp; O12&nbsp;&nbsp; H12<br>

</font>........<br><br>

There is nothing specifically defined in terms of bonds etc.&nbsp; This I

was assuming that it would pull from the ff*nb.itp file.<br><br>

When I process the pdb file for this residue, this is what the .top file

looks like ......<br><br>

..................<br>

<font face="Courier New, Courier">[ moleculetype ]<br>

; Name&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

nrexcl<br>

Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3<br><br>

[ atoms ]<br>

;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr

residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;

typeB&nbsp;&nbsp;&nbsp; chargeB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; massB<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CHD&nbsp;&nbsp;&nbsp; C18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.035&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CHD&nbsp;&nbsp;&nbsp; C13&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CHD&nbsp;&nbsp;&nbsp; C12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

13.019&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.15<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

OA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CHD&nbsp;&nbsp;&nbsp; O12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.548&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15.9994&nbsp;&nbsp; ;

qtot -0.398<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

CHD&nbsp;&nbsp;&nbsp; H12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.398&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 0<br>

</font>.....................<br>

<font face="Courier New, Courier">[ bonds ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1

<br>

</font>................<br>

<font face="Courier New, Courier">[ pairs ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 

<br>

</font>.................<br>

<font face="Courier New, Courier">[ angles ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

25&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

</font>...............<br>

<font face="Courier New, Courier">[ dihedrals ]<br>

;&nbsp; ai&nbsp;&nbsp;&nbsp; aj&nbsp;&nbsp;&nbsp; ak&nbsp;&nbsp;&nbsp; al

funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

c5<br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;

25&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 <br>

</font>..................<br>

<font face="Courier New, Courier">; Include Position restraint file<br>

#ifdef POSRES<br>

#include &quot;posre.itp&quot;<br>

#endif<br>

</font>....................<br><br>

Therefore it gets correct where all the bonds are, angles etc.&nbsp;

However, it has left out the details of how long they are, force

constants etc.&nbsp; As I said in the previous email, I assumed that

these would all be inserted into the .top file to then be subsequently

used by the rest of the software.&nbsp; If this isn't the case, then I

don't actually have a problem at all then, was just expecting something

else.<br><br>

Catch ya,<br>

<x-sigsep><p></x-sigsep>

<b>Dr. Dallas Warren<br>

</b><i>Research Fellow<br>

</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>

Victorian College of Pharmacy<br>

Monash University<br>

<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>

</u></font>+61 3 9903 9076</html>