<html>
David,<br><br>
<blockquote type=cite class=cite cite>based on atomtype.<br>
Check the type your atoms have in the [ atoms ] 
section</blockquote><br>
Actually, that isn't quite what I am asking.<br><br>
In the bon.itp file for the force field, there are two constants defined
for i and l&nbsp; These are some how put together to form an improper
dihedral for i, j, k, l.&nbsp; In the case of an amide bond (with ffgmx),
you have atom types CH2, C, OM and N.&nbsp; Therefore, which improper
dihedrals have to be defined in ffgmxbon.itp to form the final
description of it?&nbsp; CH2 - N, CH2 - OM and N - OM?<br><br>
Catch ya,<br>
<x-sigsep><p></x-sigsep>
<b>Dr. Dallas Warren<br>
</b><i>Research Fellow<br>
</i>Department of Pharmaceutical Biology and Pharmacology<br>
Victorian College of Pharmacy<br>
Monash University<br>
381 Royal Parade<br>
Parkville VIC 3010<br>
<font color="#0000FF"><u>dallas.warren@vcp.monash.edu.au<br>
</u></font>+61 3 9903 9076</html>