
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META content="text/html; charset=gb2312" http-equiv=Content-Type>


<META content="MSHTML 5.00.3315.2870" name=GENERATOR></HEAD>


<BODY bgColor=#505a61 text=#000000>


<P><FONT color=#ffffff>Hi, David,</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;&nbsp; I have already created rtp file manaul. 


Would you please check it for me,it's the first time I ever created rtp files.My 


polymer is CH3CO-Xn-OCH2CH3.I have created three rtp files.One is CH3CO-, the 


other is -X- residue,the last is -OCH2CH3.</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>[-X-]<BR>&nbsp;[atoms]<BR>&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1<BR>&nbsp; 


CA&nbsp;&nbsp; CH2&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<BR>&nbsp; 


CB&nbsp;&nbsp; CH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


3<BR>&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp; 0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  


4<BR>&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; OS&nbsp;&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  


4</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;[bonds]<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


O<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<BR>&nbsp;-OG&nbsp;&nbsp; 


C<BR>&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; CB<BR>&nbsp; CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; CG<BR>&nbsp; 


CB&nbsp;&nbsp;&nbsp; OG<BR>&nbsp; [impropers]<BR>&nbsp;&nbsp; -O&nbsp;&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; CA<BR>&nbsp;&nbsp; -O -CA&nbsp;&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp; O<BR>&nbsp;&nbsp; CA&nbsp; CB&nbsp; CG&nbsp;&nbsp; 


OG<BR>&nbsp; <BR>[-OCH2CH3]<BR>&nbsp;[atoms]<BR>&nbsp; OG&nbsp;&nbsp; 


OS&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; 


CH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp; CB&nbsp;&nbsp; 


CH3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;[bonds]<BR>&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CB<BR>&nbsp; 


CA&nbsp;&nbsp; OG</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>[CH3CO-]<BR>&nbsp;[atoms] <BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;  


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-0.180&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<BR>&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp; 


0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;[bonds]<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


O<BR>&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA<BR>&nbsp;-OG&nbsp;&nbsp; 


C</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp;[impropers]<BR>&nbsp;-O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;O&nbsp;&nbsp; CA<BR>&nbsp;-CB&nbsp; 


OG&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;  O</FONT></P>


<P>&nbsp;</P>


<P><FONT color=#ffffff>Are there something wrong?</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>After&nbsp; I&nbsp; finished creating rtp files,I have 


tried to use pdb2gmx to transfer pdb file to top and gro files.There are 


something wrong too. I hope it is not reason of wrong rtp files.</FONT></P>


<P><FONT color=#ffffff>&nbsp; The data of polymer is from ab initio 


calculation.Its pdb format is different from pdb file download from Protein Data 


Bank (Brookhaven National Labratory).I will show you two pieces of file 


respectively. First piece of file is from ab initio or Chem3D. The second piece 


of file is from Protein Data Bank.</FONT></P>


<P>HEADER<BR>REMARK try<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 


0.000<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 


1.515<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.982&nbsp; -0.013&nbsp;&nbsp; 


2.214<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.449&nbsp; -0.016&nbsp;&nbsp; 


3.429<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; 


O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.266&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 


1.982<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.418&nbsp;&nbsp; 1.405&nbsp;&nbsp; 


3.968<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.013&nbsp;&nbsp; 0.076&nbsp; 


-0.386<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.628&nbsp;&nbsp; 0.821&nbsp; 


-0.359<BR>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.484&nbsp; -0.920&nbsp; -0.341</P>


<P>..........................................</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>Second:</P>


<P>COMPND&nbsp;&nbsp;&nbsp; ?<BR>REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; File generated by 


Swiss-PdbViewer&nbsp; 3.70b0<BR>REMARK&nbsp;&nbsp;&nbsp; <A 


href="http://www.expasy.org/spdbv/">http://www.expasy.org/spdbv/</A><BR>CRYST1&nbsp;&nbsp; 


54.800&nbsp;&nbsp; 58.700&nbsp;&nbsp; 67.500&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 


P 21 21 21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp; 


<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.603&nbsp; 19.727&nbsp; 


20.250&nbsp; 1.00 13.41<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CA&nbsp; 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.562&nbsp; 20.655&nbsp; 


19.081&nbsp; 1.00 13.40<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; 


C&nbsp;&nbsp; ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


36.798&nbsp; 20.420&nbsp; 18.264&nbsp; 1.00 


13.62<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.907&nbsp; 20.471&nbsp; 


18.784&nbsp; 1.00 13.71<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CB&nbsp; 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.547&nbsp; 22.145&nbsp; 


19.535&nbsp; 1.00 13.12<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; CG1 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34.314&nbsp; 22.418&nbsp; 


20.479&nbsp; 1.00 14.86<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CG2 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.560&nbsp; 23.085&nbsp; 


18.292&nbsp; 1.00 13.33<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CD1 


ILE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32.952&nbsp; 22.518&nbsp; 


19.778&nbsp; 1.00 13.96<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; 


N&nbsp;&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


36.602&nbsp; 20.030&nbsp; 17.011&nbsp; 1.00 


13.41<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; CA&nbsp; VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.694&nbsp; 19.824&nbsp; 16.070&nbsp; 1.00 


12.61<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 


VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.835&nbsp; 21.083&nbsp; 


15.227&nbsp; 1.00 12.59<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 


VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36.841&nbsp; 21.624&nbsp; 


14.725&nbsp; 1.00 10.58<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; CB&nbsp; 


VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.389&nbsp; 18.626&nbsp; 


15.132&nbsp; 1.00 13.98<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; CG1 


VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.528&nbsp; 18.432&nbsp; 


14.158&nbsp; 1.00 12.06<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; CG2 


VAL&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 37.126&nbsp; 17.326&nbsp; 


15.974&nbsp; 1.00 12.54<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.060&nbsp; 21.590&nbsp; 


15.138&nbsp; 1.00 12.26<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; CA&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.328&nbsp; 22.714&nbsp; 


14.263&nbsp; 1.00 14.63<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.822&nbsp; 24.043&nbsp; 


14.797&nbsp; 1.00 17.48<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; O&nbsp;&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.541&nbsp; 24.963&nbsp; 


14.023&nbsp; 1.00 17.10<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; N&nbsp;&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.721&nbsp; 24.157&nbsp; 


16.118&nbsp; 1.00 16.69<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; CA&nbsp; 


GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38.243&nbsp; 25.391&nbsp; 


16.707&nbsp; 1.00 16.54<BR></P>


<P>........................................</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>Could tell me what kind of factor made me failure, rtp files format or pdb 


file format? </P>


<P>&nbsp;</P>


<P>Thank you very much.</P>


<P>&nbsp;</P>


<P>All your bests,</P>


<P>Xianhui Wu</P>


<P><BR>&nbsp;</P></BODY></HTML>