<P>Hi all, </P>
<P>Just a quick one , I hope. I am trying to simulate a set of proteins in a bilayer. I have downloaded the bilayer from Peters web page. My problem is some of my proteins are "too big" for the lipid/solvent and poke out of the top &amp; bottom. I have tried to use both editconf &amp; genbox to extend the box in the z direction with the box command using the existing x &amp; y coords and using a larger z value ( no -d flag). when I then use genbox i get a layer of water surrounding the entire simulation box or I get a few water atoms surrounding the parts of the protein which "poke" out. My question is how do I increase the z coords to give a uniform layer of water on the extisting simulation box. </P>
<P>Cheers </P>
<P>Chris</P><p><p><br><hr size=1><a href="http://uk.yahoo.com/mail/tagline_xtra/?http://uk.docs.yahoo.com/mail_storage.html"><b><font face="Arial" size="2">Get a bigger mailbox -- choose a size that fits your needs.</font></b></a><br>