<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
<html>

<pre>&nbsp;Hi everybody!!</pre>

<pre>If I want to generate a topology with PRODRG, what is better?? taking the coordinates from the crystal structure of the small molecule (from the Cambridge database),</pre>

<pre>or taking the coordinates of the ligand (the one in the binded conformation) from the crystal structure of the complex protein-ligand. Have I to take into account the resolution to choose one of theese??</pre>

<pre>Another question: coordinates from the crystal structure of the ligand (from the ligand-protein complex ) at medium resolution (3.0-3.5 A) are OK for PRODRG</pre>

<pre>or does it need higher resolution?? I mean, is the resolution a so critical factor for PRODRG?? (I read in the paper for PRODRG that it was, but I ask how big is it??)</pre>

<pre>Thans in advance for your kind attention,</pre>

<pre>with best regards,</pre>

<pre>Ruben</pre>

<pre>
___________________________________________

Rubén Martínez-Buey. PhD student
Protein Function and Structure Dept. Lab. 352
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB-CSIC)
C/ Velázquez, 144&nbsp; 28006&nbsp; MADRID
Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380
___________________________________________</pre>
&nbsp;</html>