
<html>

<head>

</head>

<body>

Hi,

<blockquote type="cite" cite="mid:1037986389.2481.7.camel@h123n2fls33o850.telia.com">

  <pre wrap=""><br></pre>

  <blockquote type="cite">

    <pre wrap="">B: Are there any limitations on the string size in the .mdp file?<br>Namely, if we have a lot of energygroups (say 200 aminoacids and 1<br>ligand) and we wish to skip dynamics of the first 200 groups by<br>freezing them, how can we add 200x200 entries into string<br>'freezegrps'? I mean, can the program accept such a long string?<br></pre>

    </blockquote>

    <pre wrap=""><!---->No. You will have to modify gmx/src/kernel/readir.c <br>You can not have more than 256 groups, unless you modify the type that<br>holds the groups (in atoms and mdatoms structures)<br><br></pre>

    </blockquote>

And, as it says in the manual: things will get considerably slower with that

many energy groups. <br>

Unless you have a _very_ good reason for using 200 separate groups, it's

a much better idea<br>

to define a small number of groups for your simulation and then possibly

rerunning the energy<br>

calculation on the trajectory (using frames spaced 1 ps apart or something).<br>

    <br>

Cheers,<br>

    <br>

Erik<br>

    <br>

    </body>

    </html>