<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<META content="MSHTML 6.00.2719.2200" name=GENERATOR>
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</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi list, sorry for newby's question...</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>My purpose using gromacs is&nbsp;simulation of 
nonionic synthetic lipids in water.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Please, before going further (and spend a lot of 
time in calculations) could you tell me if I'm wrong in any way or any 
step:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>* I build a single molecule of my synthetic lipid 
by hand, starting with and modifying a "classic" DPPC</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>* get a "polar H only"&nbsp;pdb file&nbsp;with the 
Prodrg server (I check the result - it looks good).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>* Then I calculate partial charges using 6-31G of 
Gamess and create an *.itp file with these charges.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>* create&nbsp;a *.top file. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Here, I've got pdb, itp and top files. 
</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>* I transform the pdb into gro with editconf 
(pdb2gmx don't work with my molecule...), solvate the box with spc216.gro 
then&nbsp;</FONT><FONT face=Arial size=2>perform steepest descent and a short md 
to ensure my system is coherent.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Is this a way to do? do you have 
suggestion(s)?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Another question, c</FONT><FONT face=Arial 
size=2>ould I use genconf in order to create a bilayer (its syntax is still 
opaque for me now)?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks in advance</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>N.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial 
size=2>----------------------------------------------------</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Nicolas Michel</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Laboratoire de Chimie BioOrganique et des Systemes 
Moleculaires Vectoriels</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Avignon</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>France</FONT></DIV></BODY></HTML>