<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">
<html>
David van der Spoel wrote:
<blockquote TYPE=CITE>On Mon, 2002-12-02 at 21:13, Ruben Martinez Buey
wrote:
<br>> Hi everybody,
<br>>
<br>> I have the next error message when run grompp:
<br>>
<br>> akilonia 35% grompp -f em.mdp -c ftsz_b4em.gro -p ftsz.top -o
<br>> ftsz_em.tpr
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Gravel Rubs Often Many Awfully Cauterized Sores
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
:-)&nbsp; VERSION 3.1&nbsp; (-:
<br>>
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2002,
University of Groningen, The Netherlands
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program
is free software; you can redistribute it and/or
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify
it under the terms of the GNU General Public License
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published
by the Free Software Foundation; either version 2
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
of the License, or (at your option) any later version.
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; /usr/local/gromacs/3.1_sgi/mips-sgi-irix6.5/r10000/bin/grompp
<br>> (-:
<br>>
<br>> Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Description
<br>> ------------------------------------------------------------
<br>>&nbsp;&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; em.mdp&nbsp;
Input, Opt!&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters
<br>>&nbsp; -po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
grompp input file with MD parameters
<br>>&nbsp;&nbsp; -c&nbsp; ftsz_b4em.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Generic structure: gro g96 pdb tpr
<br>> tpb tpa
<br>>&nbsp;&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp;
Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Generic structure: gro g96 pdb tpr
<br>> tpb tpa
<br>>&nbsp;&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input,
Opt.&nbsp;&nbsp; Index file
<br>> -deshuf&nbsp; deshuf.ndx&nbsp; Output, Opt.&nbsp; Index file
<br>>&nbsp;&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ftsz.top&nbsp;
Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file
<br>>&nbsp; -pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt.&nbsp; Topology file
<br>>&nbsp;&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp; ftsz_em.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Generic run input: tpr tpb tpa
<br>>&nbsp;&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp;
Input, Opt.&nbsp;&nbsp; Full precision trajectory: trr trj
<br>>
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Option&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;
Value&nbsp; Description
<br>> ------------------------------------------------------
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]h&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
no&nbsp; Print help info and quit
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]X&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
no&nbsp; Use dialog box GUI to edit command line
<br>> options
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp; Set the nicelevel
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]v&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;
yes&nbsp; Be loud and noisy
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -time&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
-1&nbsp; Take frame at or first after this time.
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -np&nbsp;&nbsp;&nbsp;
int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Generate statusfile for # nodes
<br>> -[no]shuffle&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Shuffle
molecules over nodes
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp; -[no]sort&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
no&nbsp; Sort molecules according to X coordinate
<br>> -[no]rmdumbds&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp; Remove constant
bonded interactions with
<br>> dummies
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -load string&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Releative load capacity of each node on a
<br>> parallel
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
machine. Be sure to use quotes around the
<br>> string,
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
which should contain a number for each node
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
10&nbsp; Number of warnings after which input
<br>> processing
<br>>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
stops
<br>> -[no]check14&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp; Remove
1-4 interactions without Van der
<br>> Waals
<br>>
<br>> creating statusfile for 1 node...
<br>>
<br>> Back Off! I just backed up mdout.mdp to #mdout.mdp#
<br>> Warning: as of GMX v 2.0 unit of compressibility is truly 1/bar
<br>> checking input for internal consistency...
<br>> calling /lib/cpp...
<br>> cpp: error /usr/local/gromacs/3.1_sgi/share/top/ff_dum.itp:1: DC_PO:
too
<br>> much pushback
<br>>
<br>strange error. Does that file include itself ?</blockquote>

<p><br><b><u>Yes, I think so!!</u></b><b><u></u></b>
<p><b><u>Groetens</u></b><b><u></u></b>
<p><b><u>Ruben</u></b>
<blockquote TYPE=CITE>&nbsp;
<p>>
<br>--
<br>Groeten, David.
<br>________________________________________________________________________
<br>Dr. David van der Spoel,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
Biomedical center, Dept. of Biochemistry
<br>Husargatan 3, Box 576,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
75123 Uppsala, Sweden
<br>phone:&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
fax: 46 18 511 755
<br>spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp; 
<a href="http://xray.bmc.uu.se/~spoel">http://xray.bmc.uu.se/~spoel</a>
<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
<br>_______________________________________________
<br>gmx-users mailing list
<br>gmx-users@gromacs.org
<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>
<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the
<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;
___________________________________________

Rubén Martínez-Buey. PhD student
Protein Function and Structure Dept. Lab. 352
Centro de Investigaciones Biológicas (CIB-CSIC)
C/ Velázquez, 144&nbsp; 28006&nbsp; MADRID
Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380
___________________________________________</pre>
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