<P>Hi All, </P>
<P>Could someone please help me on this. I am trying to make an octane box by using genconf. I have amended the decane.itp and dec50 files from the distribution, and have arranged a box which I have scaled, using editconf, to the correct density and dimensions 3.0 5.5 4.5 nm. After a run, just octane no waters etc, &nbsp;the density of the box decreases from 700 to 300. Could anyone tell me where I am going wrong. Otherwise can I put a number of octanes randomly in a water box and let gromacs form a three phase (water octane water) system at the correct density of al three compartments??</P>
<P>I am really stuck and if anyone can please help I would really appreciate it.</P>
<P>Chris</P><p><p><br><hr size=1><a href="http://uk.yahoo.com/mail/tagline_xtra/?http://uk.docs.yahoo.com/mail_storage.html"><b><font face="Arial" size="2">With Yahoo! Mail you can get a bigger mailbox -- choose a size that fits your needs</font></b></a><br>