<P><FONT size=1>Hi Dallas </FONT></P>
<P><FONT size=1>Thanks for getting back to me, here is my .mdp file</FONT></P>
<P><FONT size=1>;</FONT></P>
<P><FONT size=1>; octane run</FONT></P>
<P><FONT size=1>;</FONT></P>
<P><FONT size=1>title = Yo</FONT></P>
<P><FONT size=1>cpp = /lib/cpp</FONT></P>
<P><FONT size=1>;Run Parameters</FONT></P>
<P><FONT size=1>integrator = md</FONT></P>
<P><FONT size=1>dt = 0.002 ; ps !</FONT></P>
<P><FONT size=1>nsteps = 25000 ; total 50 ps.</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstcomm = 1</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstxout = 250</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstvout = 1000</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstfout = 0</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstlog = 100</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstenergy = 100</FONT></P>
<P><FONT size=1>nstlist = 10</FONT></P>
<P><FONT size=1>ns_type = grid</FONT></P>
<P><FONT size=1>pbc = xyz</FONT></P>
<P><FONT size=1>;Bonds</FONT></P>
<P><FONT size=1>constraints = lincs</FONT></P>
<P><FONT size=1>lincs_order = 4</FONT></P>
<P><FONT size=1>;vdw</FONT></P>
<P><FONT size=1>vdw_type = cut-off</FONT></P>
<P><FONT size=1>rlist = 1.0</FONT></P>
<P><FONT size=1>rvdw = 1.0</FONT></P>
<P><FONT size=1>;Electrostatics </FONT></P>
<P><FONT size=1>coulombtype = pme</FONT></P>
<P><FONT size=1>fourierspacing = 0.12</FONT></P>
<P><FONT size=1>pme_order = 4</FONT></P>
<P><FONT size=1>ewald_rtol = 1e-5</FONT></P>
<P><FONT size=1>rcoulomb = 1.0</FONT></P>
<P><FONT size=1>; Berendsen temperature coupling is on in&nbsp;one group</FONT></P>
<P><FONT size=1>Tcoupl = berendsen</FONT></P>
<P><FONT size=1>tc-grps = C8 </FONT></P>
<P><FONT size=1>tau_t = 0.1</FONT></P>
<P><FONT size=1>ref_t = 300 </FONT></P>
<P><FONT size=1>; Energy monitoring</FONT></P>
<P><FONT size=1>energygrps = C8 </FONT></P>
<P><FONT size=1>; isotropic pressure coupling is now on</FONT></P>
<P><FONT size=1>Pcoupl = berendsen</FONT></P>
<P><FONT size=1>Pcoupltype = isotropic</FONT></P>
<P><FONT size=1>tau_p = 1 </FONT></P>
<P><FONT size=1>compressibility = 4.5e-5 </FONT></P>
<P><FONT size=1>ref_p = 1.0 </FONT></P>
<P><FONT size=1>; Generate velocites is off at 300 K.</FONT></P>
<P><FONT size=1>gen_vel = yes</FONT></P>
<P><FONT size=1>gen_temp = 300.0</FONT></P>
<P><FONT size=1>gen_seed = 173529</FONT></P>
<P><FONT size=1>dispcorr = EnerPres </FONT></P>
<P><FONT size=1></FONT>&nbsp;</P>
<P><FONT size=1>Is this right?.&nbsp;Also could you check the way I have done PME and vdv cutoff is this right as well (for future simulations)</FONT></P>
<P><FONT size=1>Cheers for the help</FONT></P>
<P><FONT size=1>Chris :-)</FONT></P><p><p><br><hr size=1><a href="http://uk.yahoo.com/mail/tagline_xtra/?http://uk.docs.yahoo.com/mail_storage.html"><b><font face="Arial" size="2">With Yahoo! Mail you can get a bigger mailbox -- choose a size that fits your needs</font></b></a><br>