<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2722.900" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT face="Times New Roman" size=3>&nbsp;&nbsp; 
Dear fellows, I am trying to use some of the files taken from Dr. 
Tieleman<BR>homepage without any successful. &nbsp;I downloaded the files 
lipid.itp and copied<BR>the entries under atomtypes and nonbond_params to the 
relevant sections in<BR>ffgmxnb.itp. &nbsp;I also download dmpc.itp in order to 
use the almN4start.pdb<BR>structure (in which I think there is DMPC 
bilayr).<BR>&nbsp;&nbsp; I entered my pepteid using InsightII V.98 creating the 
file merged.pdb and<BR>used "editconf -f merged.pdb -o start.gro" to create a 
.gro file in which I<BR>changed all the POP molecules into DMPC molecules. 
&nbsp;Then I used "pdb2gmx -f<BR>start.gro -p merged.top -o merged.gro -ignh" 
(with the OPLS-AA/L all-atom force<BR>field) to produced the files neede. The 
program responded was "Atom C in residue<BR>DMSO 1 not found in rtp 
database".<BR>&nbsp;&nbsp; Does someone know how to solve it? &nbsp;Thanks you 
for your help, Kass.</FONT><BR></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>===========================================<BR>| 
Itamar Kass<BR>| The Alexander Silberman<BR>| Institute of Life Sciences<BR>| 
Department of Biological Chemistry<BR>| The Hebrew University, Givat-Ram<BR>| 
Jerusalem, 91904, Israel<BR>| Tel: +972-(0)2-6585146<BR>| Fax: 
+972-(0)2-6584329<BR>| Email: <A 
href="mailto:ikass@vms.huji.ac.il">ikass@vms.huji.ac.il</A><BR>| Group Homepage: 
<A 
href="http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/">http://www.ls.huji.ac.il/~membranelab/</A><BR>============================================</FONT></DIV></BODY></HTML>