<table cellpadding=3 cellspacing=0 border=0 width=100% bgcolor=white><tr height=200><td width=100%><font size=2 color=black>   Dear Gromacs users,<BR>I  would like to ask some issues on energy minimization. <BR>I would like to perform EM in vacuum, do I have to add -DFLEX_SPC into the mdp file?<BR>Also, should I use Cut-off for the system?<br> <br>  I am trying to prepare the structure for MD run in vacuum and use steep algorithm. But the EM calculation repeatedly ends with <BR>'did not converge' message. What do you offer for this situation?<br> <br>Thanks,<BR>Dr. Mustafa Toprakci<br> <BR><BR><BR><BR><br></font></td></tr></table><p><hr><font size=2 face=geneva><b>Join Excite! - <a href=http://www.excite.com target=_blank>http://www.excite.com</a></b><br>The most personalized portal on the Web!</font>