<table cellpadding=3 cellspacing=0 border=0 width=100% bgcolor=white><tr height=200><td width=100%><font size=2 color=black>Thanks Dr. Warren<br>  One thing I will ask is that in the gromacs manual it writes -DFLEX_SPC must be used  with  cg or steep aigorithms. But when I perform EM in vacuum I don't use any water molecules. Should I still use this option in the mdp file?<br>and what should be type of vdwtype and coulombtype parameters?<br> <br>Regards,<br>Dr. Mustafa Toprakçı<br> <br> <br><BR><BR><BR><BR> <br></font></td></tr></table><p><hr><font size=2 face=geneva><b>Join Excite! - <a href=http://www.excite.com target=_blank>http://www.excite.com</a></b><br>The most personalized portal on the Web!</font>