<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2719.2200" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV style="FONT: 10pt arial">
<DIV style="BACKGROUND: #e4e4e4; font-color: black"><FONT 
style="BACKGROUND-COLOR: #ffffff"></FONT>&nbsp;</DIV></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I had no luck so far in equibrating a CHCL3 
box.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I tried two things.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>1) I first started with a CHCL3 solvent box 
(borrowed from AMBER).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Minimiz is ok and NVT run appears ok. However, when 
I tried to switch to NPT,</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I get the usual "pressure scaling more than 1%" 
error. As I understand, this is a sign that</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>the box is not equilibrated. </FONT><FONT 
face=Arial size=2>I increased pressure coupling (up to&nbsp;2.5), but it did not 
help.</FONT></DIV><FONT face=Arial size=2>
<DIV><BR>What can I do next?</DIV>
<DIV>Note that, at the end of the NVT&nbsp;(up to 1 ns, 300K, Berendsen), 
"holes" appear in the box, while other regions</DIV>
<DIV>have higher density. I&nbsp; increased the cutoffs to 1.7(thinking 
they&nbsp;are trying to evaporate)&nbsp;but it did not help. What am I doing 
wrong?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>2) I tried to build the box myself using the genbox 
command, but apparently genbox does not recognize</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>VdW radia for CHCL3 and genbox generate molecules 
on top of each other.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>The command is : genbox -ci chcl3.gro -nmol #&nbsp; 
(where nmol is set to approximate the density of CHCL3).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>What should I do? Should I add the CHCL3 atom types 
to the vdwradii.dat file?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Germana Paterlini</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>