<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

<blockquote TYPE=CITE>Hi Bert,</blockquote>

One question more: should I include counter-ions if the protein is charged??

<br>What would be the .mdp input for generate the .tpr for genion?

<br>Thanks a lot,

<br>with best wishes,

<br>Ruben

<br>&nbsp;

<blockquote TYPE=CITE>&nbsp;

<br>>

<br>> for energy minimization before NMA, do you recommend water or vacuum?

<br>>

<p>a water shell with 1-2 layers of water molecules (and internal waters),

<br>if you can afford the computational effort. Otherwise vacuum.

<br>In this article:

<p>A.Amadei, B.L. de Groot, M.-A. Ceruso, A. Di Nola and H.J.C. Berendsen;

<br>A kinetic model for the internal motions of proteins: Diffusion between

multiple

<br>harmonic wells , PROTEINS: Struct. Funct. Gen. 35: 283-292 (1999).

<p>we saw that including internal waters and an external layer of water

<br>molecules gave much more realistic results than vacuum NM.

<p>> which Coulumb-type?

<p>cut-off

<p>> which rcoulomb?

<p>5 nm (or something that is as least as large as the largest distance

<br>in your molecule)

<p>--

<p>Bert

<p>____________________________________________________________________________

<br>Dr. Bert de Groot

<p>Max Planck Institute for Biophysical Chemistry

<br>Theoretical molecular biophysics group

<br>Am Fassberg 11

<br>37077 Goettingen, Germany

<p>tel: +49-551-2011306, fax: +49-551-2011089

<p>email: bgroot@gwdg.de

<br><a href="http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/071/bgroot">http://www.mpibpc.gwdg.de/abteilungen/071/bgroot</a>

<br>____________________________________________________________________________

<br>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

___________________________________________

Rub&eacute;n Mart&iacute;nez-Buey. PhD student

Protein Function and Structure Dept. Lab. 352

Centro de Investigaciones Biol&oacute;gicas (CIB-CSIC)

C/ Vel&aacute;zquez, 144&nbsp; 28006&nbsp; MADRID

Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380

___________________________________________</pre>

&nbsp;</html>