<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

<blockquote TYPE=CITE>Hi all,</blockquote>

what about GROMOS96 topologies with Gasteiger charges?

Do you think is ti possible as well?

<br>Thanks a lot,

<br>cheers,

<br>Ruben

<blockquote TYPE=CITE>&nbsp;

<br>>

<br>> Hej David,

<br>>

<br>> I am performing GROMACS simulations for drug-protein

> systems and will make LIE at the end.

<br>> The program works well, for 3500 atoms a 2ns dynamics

<br>> takes 10 days on the PIV with that GHz...:)

<br>> ---

<br>> My ligand has some non-aminoacid parts. First, i just

<br>> made it with the prodrug server, and let it give 0

<br>> charge for some non-AA atoms. Now, i am thinking about

> using a standard charge system for the ligands (eg.

<br>> Gasteiger) as my other ligands have larger non-AA

<br>> parts and i need to precisely compare them (the dGs)

<br>> later.

<br>> However, Gasteiger (and also other charge calculator

<br>> possibilities) does not know anything about charge

<br>> groups. I am wondering, if the whole ligand could be

<br>> used as one charge group, as there is no hope to make

<br>> integer charges for only some groups of ligands. Or i

<br>> can just define some atoms for a group even if the

> total charge is only close to an integer?

<p>Charge groups do not *need* to be integer charge, it is more or less

<br>just a convention to do it that way. They *should* preferably as

<br>close to *zero* charge, wherever possible. But, this is mainly important

<br>for cut-off related effects. I imagine this is no longer a requirement

if you would use PME in stead (which is only slightly slower nowadays).

<p>--

<br>Groetjes,

<p>Anton

<br>&nbsp; _____________ _______________________________________________________

<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>|&nbsp; _&nbsp;&nbsp; _&nbsp; ___,| K. Anton Feenstra&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>| / \ / \'| | | Dept. of Pharmacochem. - Vrije Universiteit Amsterdam

|

<br>|(&nbsp;&nbsp; |&nbsp;&nbsp; )| | | De Boelelaan 1083 - 1081 HV Amsterdam

- Netherlands&nbsp;&nbsp; |

<br>| \_/ \_/ | | | Tel: +31 20 44 47608 - Fax: +31 20 44 47610&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| Feenstra@chem.vu.nl - www.chem.vu.nl/~feenstra/&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| "If You See Me Getting High, Knock Me Down"&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>|&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

| (Red Hot Chili Peppers)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

|

<br>|_____________|_______________________________________________________|

<p>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

___________________________________________

Rub&eacute;n Mart&iacute;nez-Buey. PhD student

Protein Function and Structure Dept. Lab. 352

Centro de Investigaciones Biol&oacute;gicas (CIB-CSIC)

C/ Vel&aacute;zquez, 144&nbsp; 28006&nbsp; MADRID

Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380

___________________________________________</pre>

&nbsp;</html>