
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META content="text/html; charset=gb2312" http-equiv=Content-Type>

<META content="MSHTML 5.00.2920.0" name=GENERATOR></HEAD>

<BODY bgColor=#e7e7e7><FONT face=宋体>

<DIV>

<TABLE border=0 cellPadding=0 cellSpacing=0 height="100%" width="90%">

  <TBODY>

  <TR>

    <TD align=left vAlign=top>

      <DIV>

      <DIV>

      <TABLE border=0 cellPadding=0 cellSpacing=0 height="96%" width="96%">

        <TBODY>

        <TR>

          <TD align=left height=30 vAlign=top><FONT face=宋体>

            <TABLE border=0 cellPadding=0 cellSpacing=0 height="100%" 

            style="HEIGHT: 389px; WIDTH: 458px" width="90%">

              <TBODY>

              <TR>

                <TD align=left vAlign=top>

                  <DIV><FONT size=2><FONT face=宋体>Dear <SPAN 

                  id=_FoxToName>gmx-users</SPAN>，</FONT></FONT></DIV>

                  <DIV><FONT face=宋体 size=2>　　I want to perform a MD with 

                  simulated annealing.But i don't know how to use the parameters 

                  in .mdp file(e.g. cooling down from 500k to 100k).It seems 

                  to&nbsp;only have a parameter that cooled down to 

                  0K,Zero_temp_time. How to control the system to cool down to 

                  100K?</FONT></DIV>

                  <DIV>&nbsp;<FONT size=2>Could anyone give me some suggestions? 

                  Thank you very much!</FONT></DIV>

                  <DIV><FONT size=2>&nbsp;Below is my .mdp file:</FONT></DIV>

                  <DIV>&nbsp;</DIV>

                  <DIV><FONT 

                  size=2>title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  Yo<BR>cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  /lib/cpp<BR>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; -DFLEX_SPC&nbsp;&nbsp; </FONT></DIV>

                  <DIV><FONT 

                  size=2>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  all-bonds<BR>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  md<BR>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 0.002&nbsp;; ps 

                  !<BR>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 1000000&nbsp;; total 100 

                  ps.<BR>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  1<BR>comm_grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; Protein 

                  <BR>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  500<BR>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  1000<BR>nstfout&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  500<BR>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  500<BR>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  500<BR>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  10<BR>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  grid<BR>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  PME<BR>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  0.9<BR>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  0.9<BR>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 0.9<BR>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  0.12<BR>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  4<BR>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; yes<BR>; Berendsen temperature coupling is on in two 

                  groups<BR>Tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  berendsen<BR>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; Protein&nbsp;&nbsp;SOL 

                  <BR>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1 

                  <BR>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 500&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;500 <BR>; 

                  Energy 

                  monitoring<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                   =&nbsp; Protein SOL <BR>; Pressure coupling is 

                  on<BR>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  berendsen<BR>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  isotropic<BR>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 1<BR>compressibility&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

                  4.5e-5<BR>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 1.0<BR>; Generate velocites is on at 500 

                  K.<BR>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  no<BR>gen_temp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 

                  500.0<BR>gen_seed&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =&nbsp; 173529</FONT></DIV>

                  <DIV><FONT size=2>;simulated annealing</FONT></DIV>

                  <DIV><FONT 

                  size=2>annealing&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;=yes</FONT></DIV>

                  <DIV><FONT size=2>zero_temp_time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

                  =1400</DIV></FONT>

                  <DIV><FONT face=宋体 size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

                  <DIV><FONT face=宋体 size=2></FONT>&nbsp;</DIV>

                  <DIV><FONT face=宋体 size=2>Cheers,　　　　　　　</FONT></DIV>

                  <DIV>

                  <DIV><FONT face=宋体>

                  <DIV><FONT size=2><FONT face=宋体>Weihua Li<BR></FONT><FONT 

                  face=宋体><A 

                  href="mailto:whli@mail.shcnc.ac.cn">whli@mail.shcnc.ac.cn</A></FONT></FONT></DIV>

                  <DIV><FONT face=宋体><FONT 

                  size=2>2003-03-13</FONT></FONT></DIV><FONT 

                  size=2>　　　　　　　　　　　　　　</FONT></FONT></DIV></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE></FONT></TD>

          <TD align=left vAlign=top 

      width=100><BR><BR><BR></TD></TR></TBODY></TABLE></DIV></DIV></TD></TR></TBODY></TABLE></DIV></FONT></BODY></HTML>