<br><font size=2 face="sans-serif">Hi, </font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">I have noticed that the conversion factor
used in gromacs from kcal/mol to kJ/mol is </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">4.1868 instead of 4.184 when I was checking
the OPLSAA torsion parameters in gromacs </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">database. Then I found it is true for
the bond stretching parameters as well. </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Is there a particular reason for this
4.1868 J/cal conversion factor, or am I missing something </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">here? It is a not a huge difference,
but I thought the standard conversion factor should be &nbsp;</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">1kcal/mol = 4.184 kJ/mol.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Here are two examples. Gromacs converts
the OPLSAA torsion parameters to the five-term </font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Ryckaert-Bellemans form. The formular
is</font>
<br>
<br><font size=3><tt>&nbsp; C0=V0+V2+0.5(V1+V3)<br>
 &nbsp;C1=0.5(3*V3-V1)<br>
 &nbsp;C2=-V2<br>
 &nbsp;C3=-2V3<br>
 &nbsp;C4=0<br>
 &nbsp;C5=0</tt></font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">1. Torsion CT-CT-CT-CT:</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">GROMACS:</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">CT &nbsp; &nbsp; CT &nbsp; &nbsp; CT
&nbsp; &nbsp; CT &nbsp; &nbsp; &nbsp;3 &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.93076 &nbsp;-1.46538
&nbsp; 0.20934 &nbsp;-1.67472 &nbsp; 0.00000 &nbsp; 0.00000 ; hydrocarbon
</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">OPLSAA (2000):</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">CT-CT-CT-CT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.000 &nbsp;
&nbsp;1.300 &nbsp;-0.050 &nbsp; 0.200 &nbsp; hydrocarbon</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">A quick check C2/(-V2) = 0.20934 kJ/mol/(0.05
kcal/mol) = 4.1868 &nbsp; &nbsp;kJ/kcal &lt;====== </font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">2. Bond CT-NT:</font>
<br>
<br><font size=3><tt>GROMACS:</tt></font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp;CT &nbsp; &nbsp;NT &nbsp; &nbsp;
&nbsp;1 &nbsp; &nbsp;0.14480 &nbsp; 319871.5 &nbsp; ; -idem-</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">OPLSAA (2000):</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">CT-NT &nbsp; &nbsp; 1.448 &nbsp; &nbsp;382.0</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">319871.5 kJ/mol/nm^2 / (2 x 382.kcal/mol/A^2)
&nbsp;= 4.1868 &nbsp; &nbsp;kJ/kcal &nbsp; &nbsp;&lt;=========</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Thanks.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Ruhong</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Ruhong Zhou, PhD</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Computational Biology Center &nbsp;<br>
IBM Thomas J. Watson Research Center &nbsp; &nbsp;<br>
Yorktown Heights, &nbsp;NY 10598 <br>
Tel: (914) 945-3591, Fax: (914) 945-4104 <br>
http://www.research.ibm.com/people/r/ruhong <br>
</font>