
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">

<HTML><HEAD>

<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">

<META content="MSHTML 6.00.2800.1126" name=GENERATOR>

<STYLE></STYLE>

</HEAD>

<BODY bgColor=#ffffff>

<DIV><FONT face=Arial size=2><FONT face="Times New Roman">Hi all,<BR><BR>I 

already figured out, that one needs to define e. 

g.<BR>energygrps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 

PROTEIN&nbsp;&nbsp; SOL<BR>in the input .mdp file.<BR>After the mdrun I analyse 

the .edr file with g_energy.<BR><BR>Now i have troubles to get the meaning of 

all those parts.<BR><BR>&nbsp;&nbsp; 1=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

G96Angle&nbsp;&nbsp; 2=&nbsp;&nbsp; Proper Dih.&nbsp;&nbsp; 3= Improper 

Dih.&nbsp;&nbsp; 4=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

LJ-14<BR>&nbsp;&nbsp; 5=&nbsp;&nbsp;&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp; 

6=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ (SR)&nbsp;&nbsp; 7=&nbsp; Coulomb 

(SR)&nbsp;&nbsp; 8=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Potential<BR>&nbsp;&nbsp; 

9=&nbsp;&nbsp; Kinetic En.&nbsp; 10=&nbsp; Total Energy&nbsp; 11=&nbsp;&nbsp; 

Temperature&nbsp; 12=Pressure (bar)<BR>&nbsp; 

13=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XX&nbsp; 

14=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XY&nbsp; 

15=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-XZ&nbsp; 

16=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YX<BR>&nbsp; 

17=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YY&nbsp; 

18=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-YZ&nbsp; 

19=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZX&nbsp; 

20=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZY<BR>&nbsp; 

21=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Vir-ZZ&nbsp; 22= Pres-XX 

(bar)&nbsp; 23= Pres-XY (bar)&nbsp; 24= Pres-XZ (bar)<BR>&nbsp; 25= Pres-YX 

(bar)&nbsp; 26= Pres-YY (bar)&nbsp; 27= Pres-YZ (bar)&nbsp; 28= Pres-ZX 

(bar)<BR>&nbsp; 29= Pres-ZY (bar)&nbsp; 30= Pres-ZZ (bar)&nbsp; 31= 

#Surf*SurfTen&nbsp; 32=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Mu-X<BR>&nbsp; 33=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 

Mu-Y&nbsp; 34=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mu-Z&nbsp; 

35=Coul-SR:Protein-Protein&nbsp; 36=LJ:Protein-Protein<BR>&nbsp; 

37=Coul-14:Protein-Protein&nbsp; 38=LJ-14:Protein-Protein&nbsp; 

39=Coul-SR:Protein-SOL&nbsp; 40=LJ:Protein-SOL<BR>&nbsp; 

41=Coul-14:Protein-SOL&nbsp; 42=LJ-14:Protein-SOL&nbsp; 

43=Coul-SR:Protein-rest&nbsp; 44=LJ:Protein-rest<BR>&nbsp; 

45=Coul-14:Protein-rest&nbsp; 46=LJ-14:Protein-rest&nbsp; 

47=Coul-SR:SOL-SOL&nbsp; 48=&nbsp;&nbsp;&nbsp; LJ:SOL-SOL<BR>&nbsp; 

49=Coul-14:SOL-SOL&nbsp; 50= LJ-14:SOL-SOL&nbsp; 51=Coul-SR:SOL-rest&nbsp; 

52=&nbsp;&nbsp; LJ:SOL-rest<BR>&nbsp; 53=Coul-14:SOL-rest&nbsp; 

54=LJ-14:SOL-rest&nbsp; 55=Coul-SR:rest-rest&nbsp; 56=&nbsp; 

LJ:rest-rest<BR>&nbsp; 57=Coul-14:rest-rest&nbsp; 58=LJ-14:rest-rest&nbsp; 

59=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-Protein&nbsp; 60=&nbsp; Lamb-Protein<BR>&nbsp; 

61=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-SOL&nbsp; 

62=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lamb-SOL&nbsp; 

63=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; T-FE&nbsp; 

64=&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lamb-FE<BR><BR><BR>which parts do i have 

to add to get the total potential energy of the protein, without the 

interactions with the 

solvent?<BR><BR>maybe<BR>35=Coul-SR:Protein-Protein,<BR>36=LJ:Protein-Protein,<BR>37=Coul-14:Protein-Protein<BR>38=LJ-14:Protein-Protein<BR><BR>How 

can I add the bonded terms? what is rest and lamb? (rest maybe 

restraint)<BR><BR><BR>Thanks a lot in advance. 

Cheers,<BR><BR>Lukas</FONT><BR></FONT></DIV></BODY></HTML>