<P>Hi all, </P>
<P>I have a ligand for which I have written 2 topologies and inactive conformation &amp; an active conformation. I relax the inactive structure and all is OK. When I then use the final relaxed inactive conformation as the input for the conformational change the ligand stays in the inactive conformation. I have tried increasing the parameters in my topology files for angles, dihedrals incase there was a&nbsp;high transition state, but still nothing. Can anyone help, are distance restraints in the top file an option to try to coax the inactive to the active structures.</P>
<P>Cheers</P>
<P>Chris</P><p><p><br><hr size=1><a href="http://uk.yahoo.com/mail/tagline_xtra/?http://uk.docs.yahoo.com/mail_storage.html"><b><font face="Arial" size="2">With Yahoo! Mail you can get a bigger mailbox -- choose a size that fits your needs</font></b></a><br>