<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

Hi all,

<p>After an energy minimization of a protein-ligand, the ligand changes

its structure. Some of this changes could be wrong, and this could be a

cause of the molecular topology. Do you think it would be right to fix

or restrain the positions of the most rigids parts in the ligand (a complex

of 3 rings relatively rigid) and leave "flexible" the flexible side chains

of the ligand? What would be the better way to do this?

<br>Thanks in advance for your kind attention,

<br>with best regards,

<br>Ruben

<br>&nbsp;

<br>&nbsp;

<p>David wrote:

<blockquote TYPE=CITE>On Wed, 2002-11-13 at 03:11, Ruben Martinez Buey

wrote:

<br>> Hi everybody,

<br>> How can I check if&nbsp; a molecular topology (for GROMOS96) of a

small

<br>> molecule (a ligand of a protein) is OK??

<br>> Are there another programs similar to PRODRG?? How can I check if

the

> results of this program are OK??

<br>> Thanks in advance

<br>You may not like this, but especially for a small&nbsp; molecules that

are

non-standard you have to check manually whether the toplogy makes sense.

<br>This is your research and you have to be able to explain why you have

used such and such parameters.

<p>Having said that the first test is to do an energy minimization or a

<br>short simulation of the molecule in water, see if maintains the right

structure and has hydrogen bonds etc.

<p>--

Groeten, David.

<br>________________________________________________________________________

<br>Dr. David van der Spoel,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

Biomedical center, Dept. of Biochemistry

<br>Husargatan 3, Box 576,&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

75123 Uppsala, Sweden

<br>phone:&nbsp; 46 18 471 4205&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

fax: 46 18 511 755

<br>spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&nbsp;&nbsp; spoel@gromacs.org&nbsp; 

<a href="http://zorn.bmc.uu.se/~spoel">http://zorn.bmc.uu.se/~spoel</a>

<br>++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

<br>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

___________________________________________

Rub&eacute;n Mart&iacute;nez-Buey. PhD student

Protein Function and Structure Dept. Lab. 352

Centro de Investigaciones Biol&oacute;gicas (CIB-CSIC)

C/ Vel&aacute;zquez, 144,&nbsp; 28006&nbsp; MADRID (SPAIN)

Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380

Fax: +34-91-562 75 18</pre>

&nbsp;</html>