<br><font size=2 face="sans-serif">Hi,</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">I am having trouble when trying to port
the compiled gromacs excutables to another site (a remote site). I changed
PATHs in</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">GMXRC and GMARC.bash etc to proper new
localtions, and the program pdb2gmx found the right location for top lib
files, and it ran.</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">However, it core dumps at the end:</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">.............................</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp;3: GROMOS96 43b1 Vacuum Forcefield
(official distribution)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp;4: GROMOS96 43a2 Forcefield (development)
(improved alkane dihedrals)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">&nbsp;5: OPLS-AA/L all-atom force field
(2001 aminoacid dihedrals)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">5</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Using ffoplsaa force field</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/ffoplsaa.atp</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Atomtype 696</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Reading residue database... (ffoplsaa)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/ffoplsaa.rtp</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Residue 50</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Sorting it all out...</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/ffoplsaa.hdb</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/ffoplsaa-n.tdb</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/ffoplsaa-c.tdb</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Back Off! I just backed up 1a45.top
to ./#1a45.top.3#</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Processing chain 1 (1481 atoms, 173
residues)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Opening library file /dfs/protein/programs/gromacs/share/top/specbond.dat</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">5 out of 5 lines of specbond.dat converted
succesfully</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">Illegal instruction (core dumped)</font>
<br><font size=2 face="sans-serif">/dfs/protein/ruhongz/gromacs&gt;</font>
<br>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Am I missing something here? Do I have
to do something else, or do I have to recompile/install in the new enviornment?The
OS is the same, both are IBM AIX 4.3.3.0 (IBM SP Power3 nodes)</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Thanks.</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Ruhong</font>
<br>
<br><font size=2 face="sans-serif">Ruhong Zhou , PhD<br>
Computaional Biology Center <br>
IBM Thomas J. Watson Research Center &nbsp;<br>
Yorktown Heights, &nbsp;NY 10598 <br>
Tel: (914) 945-3591, Fax: (914) 945-4104 <br>
http://www.research.ibm.com/people/r/ruhong <br>
</font>