<!doctype html public "-//w3c//dtd html 4.0 transitional//en">

<html>

Dear Sridhar,

<p>Have a little look to this web page:

<p>davapc1.bioch.dundee.ac.uk/programs/prodrg/gmx.pdf

<p>You&acute;ll find there an excellent tutorial made by Dr. Kerrigan

<br>Hope this help,

<br>with best wishes,

<br>Ruben

<br>&nbsp;

<p>"Mr.Sridhar" wrote:

<blockquote TYPE=CITE>I have a problem in running MD of a protein which

has

<br>PHORBOL-13-ACETATE as a bound ligand. I got a gromacs topology file

from

<br>PRODRG server. But I don't know how to include this topology file in

Gromacs

and run MD.

<br>I've added the line #include "PRB.itp"

in the main gromacs forcefield file "ffgmx.itp" but it is not working.

I'll be happy if anybody can find the procedure for this.

Thanks.

sridhar.

<p>_______________________________________________

<br>gmx-users mailing list

<br>gmx-users@gromacs.org

<br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>

<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the

<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.</blockquote>

<pre>--&nbsp;

___________________________________________

Rub&eacute;n Mart&iacute;nez-Buey. PhD student

Protein Function and Structure Dept. Lab. 352

Centro de Investigaciones Biol&oacute;gicas (CIB-CSIC)

C/ Vel&aacute;zquez, 144,&nbsp; 28006&nbsp; MADRID (SPAIN)

Tlf: +34-91-561 18 00 ext. 4380

Fax: +34-91-562 75 18</pre>

&nbsp;</html>