<DIV>Hello all gmx's</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>In my lab we started to perform MD simulations with the NAMD2 pack. </DIV>
<DIV>VMD is a program from the same group, used to display the trajectories and by using some Tcl and Phyton scripts, we can do "some" post MD analysis.</DIV>
<DIV>But, in my opinion, the tools available are "few".</DIV>
<DIV>Heard about another GPL software, GROMACS, that in addition of doing MD, as already several&nbsp;analysis tools implemented.</DIV>
<DIV>In the meanwhile (thinking in migrating to gmx), we want to try&nbsp;analyse our NAMD2 results within GROMACS, if this is possible. The relevant files to analyse trajectory&nbsp;inside namd2,&nbsp;are a binary&nbsp;trajectoryfile, .dcd , and a .psf file describing the molecular structure.</DIV>
<DIV>Is it possible to analyse my namd2 runs in GROMACS?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thank you very much.</DIV>
<DIV>Leon Salgado</DIV><p><hr SIZE=1>
Do you Yahoo!?<br>
<a href="http://us.rd.yahoo.com/search/mailsig/*http://search.yahoo.com">The New Yahoo! Search</a> - Faster. Easier. Bingo.