
<HTML><FONT FACE=arial,helvetica><FONT COLOR="#000000" FACE="Geneva" FAMILY="SANSSERIF" SIZE="2">Hello all,<BR>

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I am simulating Ru(NH3)5 modified Cyt c (HIS 33) which grompp says has a charge of 9.0.&nbsp;  I minimized the system using steep and cg with PME, without using counter ions.&nbsp;  I then ran a simulation of sed system, and it worked fine (as far as I can tell).&nbsp; I don't think it should have though...&nbsp;  From what I have read in archives about PME, it needs to have a neutralized system to work correctly.&nbsp;  I figured the simulation ran just as a fluke, so I neutralized the system with genion and updated the topology and gro.&nbsp;  After the updates I ran grompp which gave no warning of a nonzero charged system, but when I tried to run energy minimization (cg) the message was: "Fatal error: ci = -2147483648 should be in 0 .. 391 [FILE nsgrid.c, LINE 210]".&nbsp;  Steep also erred out.&nbsp;  The only time the message would go away is when I used cut-off.&nbsp;  Is it the compile of fftw, the Cl ions I added, or something else?&nbsp;  The mdp file is as follows:<BR>

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title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  ${MOL}<BR>

cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  /usr/bin/cpp<BR>

define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  -DFLEX_SPC<BR>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  none<BR>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  cg<BR>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp;  ; ps!<BR>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  1000<BR>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  10<BR>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  grid<BR>

nstcgsteep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp;  500<BR>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  .9<BR>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  .9<BR>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  .9<BR>

pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  = xyz<BR>

coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  = PME<BR>

;<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  Energy minimizing stuff<BR>

;<BR>

emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  100.0<BR>

emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;  =&nbsp;  0.01<BR>

<BR>

Thank you,<BR>

David</FONT><FONT COLOR="#000000" FACE="Geneva" FAMILY="SANSSERIF" SIZE="2"></FONT></HTML>