<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
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<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-2">
<META content="MSHTML 6.00.2712.300" name=GENERATOR>
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</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Hi gromacs users / developers</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I'm trying to estimate a free&nbsp;energy from MD 
of the</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>complex of large protein&nbsp;(&gt; 1000 AA) and 
small ligand</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>in order to compare free energies of two binding 
modes</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>which are different in conformation but same in 
topology.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>This system is huge (&gt; 80 000 atoms) 
and&nbsp;the </FONT><FONT face=Arial size=2>potential</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>energy in absolute <FONT face=Arial 
size=2>magnitude is high&nbsp;(- 10^6 kJmol-1).</FONT></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>When&nbsp;trying g_energy i recieve "inf" instead 
of free</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>energy estimate. I would like to ask wether this is 
due</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>to the fact that E/kT is too&nbsp;low so e^(E/kT) 
is close to</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>zero (out of precision of calculation) ? Than it 
would be</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>possible to calculate it from the </FONT><FONT 
face=Arial size=2>output file. Is it correct</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>to set potential energy (# 9 in g_energy menu) for 
such</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>free-</FONT><FONT face=Arial size=2>energy 
estimation ?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thank you very much for previous 
answers.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Vojtech Spiwok</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>ICT Prague</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>