
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">


<HTML><HEAD>


<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=windows-1252">


<META content="MSHTML 6.00.2800.1106" name=GENERATOR>


<STYLE></STYLE>


</HEAD>


<BODY bgColor=#ffffff>


<DIV>Dear everyone:</DIV>


<DIV>I want to use gromacs to simulate the interaction between two molecules. My 


system contain one ammonium and one benzene molecules. I have only obtain one 


benzene molecule. I have attached my pdb file. So I want to know who can help me 


about this.</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>Sincerely yours,</DIV>


<DIV>Rongjian</DIV>


<DIV>&nbsp;</DIV>


<DIV>PDBFIL pdb file created from cpmd Wannier file: 


ELF<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.001&nbsp;&nbsp; 


0.620&nbsp;&nbsp; 1.405&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.214&nbsp;&nbsp; 0.616&nbsp;&nbsp; 


0.703&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.214&nbsp;&nbsp; 0.615&nbsp; -0.702&nbsp; 


1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.001&nbsp;&nbsp; 


0.618&nbsp; -1.404&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 


C&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-1.215&nbsp;&nbsp; 0.623&nbsp; -0.702&nbsp; 1.00 


10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 C&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.215&nbsp;&nbsp; 


0.625&nbsp;&nbsp; 0.703&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.643&nbsp;&nbsp; 


2.494&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.158&nbsp;&nbsp; 0.641&nbsp;&nbsp; 


1.247&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.158&nbsp;&nbsp; 0.639&nbsp; -1.247&nbsp; 


1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


0.000&nbsp;&nbsp; 0.639&nbsp; -2.493&nbsp; 1.00 


10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.159&nbsp;&nbsp; 


0.655&nbsp; -1.247&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


-2.159&nbsp;&nbsp; 0.657&nbsp;&nbsp; 1.247&nbsp; 1.00 


10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.009&nbsp; 


-2.971&nbsp;&nbsp; 0.845&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


2 H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.009&nbsp; -2.975&nbsp; -0.847&nbsp; 1.00 


10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 H&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.833&nbsp; 


-1.757&nbsp; -0.003&nbsp; 1.00 10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 


H&nbsp;&nbsp;&nbsp; MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.821&nbsp; -1.735&nbsp; -0.003&nbsp; 1.00 


10.00<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 


MOL&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.002&nbsp; 


-2.382&nbsp; -0.002&nbsp; 1.00 10.00</DIV></BODY></HTML>