<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=big5">
<META content="MSHTML 6.00.2600.0" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV>
<DIV><FONT face=MingLiu size=2>Dear gmx_users;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; I have a pdb file with net charge 
+4. How would I neutralize it?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>I have tried "protonate" this program. And&nbsp;I 
don't think it works if&nbsp;I </FONT><FONT face=細明體 size=2>use -ignh option in 
pdb2gmx command. </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp; By thw way,I try to use PME 
method.&nbsp;Will it&nbsp; </FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>make big differences that the net charge isn't 
zero?&nbsp;</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thanks for helping me to 
solve these questions.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=細明體 size=2>Jia-lin</FONT></DIV></DIV>
<DIV><FONT face=MingLiu 
size=2>==============================================================<BR>Jia-lin 
Lo<BR>Dept. of Physics ,National Central University,<BR>Chung Li , 
Taiwan,<BR>e-mail : <A 
href="mailto:jllo@phy.ncu.edu.tw">jllo@phy.ncu.edu.tw</A>&nbsp; Home page: <A 
href="http://pooh.phy.ncu.edu.tw/~jllo/">http://pooh.phy.ncu.edu.tw/~jllo/</A><BR>==============================================================</FONT></DIV></BODY></HTML>