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<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6249.1">
<TITLE>computation time</TITLE>
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<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users!<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am a novice in these calculations, and we are going to set up a<BR>
&nbsp; computer system for MD calculations.<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; My typical systems consist of about 40,000 atoms including SPC water<BR>
&nbsp; atoms. If I want to perform a regular MD calculation for 1-2 ns and<BR>
&nbsp; perhaps fixing the bond lengths, how much real time should I expect for<BR>
&nbsp; completing the calculation either on<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1. Dual Pentium 4 Xeon, 2.4 GHz, 2G RAM<BR>
<BR>
&nbsp; or<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2. Dual Mac G5, 2.0 GHz, 2G RAM<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; Thanks for your help.<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Peter Nagy<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Dept. Med. Biol. Chem.<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The University of Toledo<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Toledo OH, 43606 USA<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; pnagy@utnet.utoledo.edu </FONT>
</P>

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