<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2723.2500" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial>Hello all,<BR><BR>I am trying to develop a topology file 
for a sugar molecule (with glucose residue linked 1-3) and I have some 
questions:</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial>1. &nbsp;&nbsp;&nbsp; in the ffgmx.rtp file there 
is&nbsp;two glucose residue, but in the ffgmxbon.itp there is not parameter for 
four angles (for example&nbsp;os-cs1-os1)&nbsp;of the glucose ring.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial>2.&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;In 'GLCB' residue (in the 
ffgmx.rtp file) there are <U>five</U> improper dihedral (are they sufficient to 
preserve six equatorial atoms?), that I use when I create&nbsp;the topology for 
my molecule&nbsp;(in the rtp file); when pdb2gmx creates the file *.top it 
writes <U>six</U> ((:-o)) improper dihedrals per residue, and the 6th&nbsp;angle 
(that is in the improper dihedral section of the .top file) it is really an 
proper dihedral (it is the o2-c2-ci-o5 angle in the ring)</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial>3. &nbsp;&nbsp;&nbsp; last (more general ) question, if I 
define this improper dihedral, I have to define also the 'pairs' parameter 
between 1-4 atoms (o2 and o5 atoms in my system).</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial>Thank you,<BR>gianfranco</DIV>
<DIV><BR></DIV></FONT></BODY></HTML>