<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0 Transitional//EN">
<HTML><HEAD>
<META http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=iso-8859-1">
<META content="MSHTML 6.00.2800.1106" name=GENERATOR>
<STYLE></STYLE>
</HEAD>
<BODY bgColor=#ffffff>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I&nbsp;use g_helix to calculate the helix length. 
However, the results are different depending if I use the "-q" option or not.
<DIV><FONT face=Arial size=2>(file len-ahx.xvg). Which one is the true helix 
length? Shouldn't g_helix&nbsp;calculate the longer helix at&nbsp;every step 
anyway?</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>I have a catenated a trajectory and I use the *.trp 
file from the initial run.</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Thanks</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2>Germana Paterlini</FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2><A 
href="mailto:germana@certusoft.com">germana@certusoft.com</A><BR></FONT></DIV></FONT></DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV></BODY></HTML>