<DIV>
<P>Dear Gromax users</P>
<P>Appreciate if you could&nbsp;explain to me the meaning of each column of&nbsp;the&nbsp;PDB file(as shown below in example)? &nbsp;how should we create a PDB file for an epoxy polymer simulation?</P>
<P>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.966&nbsp; -0.646&nbsp; 22.314&nbsp; 1.00 32.74&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN&nbsp; 99<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;CA&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.121&nbsp;&nbsp; 0.549&nbsp; 22.271&nbsp; 1.00 32.05&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 100<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.794&nbsp;&nbsp; 1.733&nbsp; 22.943&nbsp; 1.00 31.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 101<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; O&nbsp;&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.742&nbsp;&nbsp; 1.575&nbsp; 23.764&nbsp; 1.00 31.50&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 102<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; CB&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22.812&nbsp;&nbsp;
 0.323&nbsp; 23.047&nbsp; 1.00 33.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 103<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; CG&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.763&nbsp;&nbsp; 1.415&nbsp; 22.695&nbsp; 1.00 34.29&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 104<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; CD&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.497&nbsp;&nbsp; 1.124&nbsp; 23.561&nbsp; 1.00 34.93&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 105<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CE&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20.706&nbsp;&nbsp; 1.659&nbsp; 24.970&nbsp; 1.00 35.35&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 106<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; NZ&nbsp; LYS&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21.524&nbsp;&nbsp; 0.759&nbsp; 25.825&nbsp; 1.00 35.85&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 107<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; N&nbsp;&nbsp;
 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.300&nbsp;&nbsp; 2.909&nbsp; 22.632&nbsp; 1.00 29.30&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 108<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; CA&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.858&nbsp;&nbsp; 4.145&nbsp; 23.207&nbsp; 1.00 27.38&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 109<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; C&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.567&nbsp;&nbsp; 4.201&nbsp; 24.693&nbsp; 1.00 26.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 110<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; O&nbsp;&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.398&nbsp;&nbsp; 4.051&nbsp; 25.038&nbsp; 1.00 26.39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 111<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; CB&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.238&nbsp;&nbsp; 5.355&nbsp; 22.537&nbsp; 1.00 27.12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN
 112<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; CG&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.775&nbsp;&nbsp; 6.731&nbsp; 22.894&nbsp; 1.00 26.16&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 113<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; CD&nbsp; GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.277&nbsp;&nbsp; 7.798&nbsp; 21.950&nbsp; 1.00 25.53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 114<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; OE1 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.087&nbsp;&nbsp; 7.974&nbsp; 21.734&nbsp; 1.00 25.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 115<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; OE2 GLU&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.200&nbsp;&nbsp; 8.451&nbsp; 21.448&nbsp; 1.00 24.78&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 116<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; N&nbsp;&nbsp; THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.608&nbsp;&nbsp; 4.399&nbsp; 25.499&nbsp; 1.00
 24.80&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 117<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; CA&nbsp; THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25.475&nbsp;&nbsp; 4.513&nbsp; 26.954&nbsp; 1.00 23.26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 118<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; C&nbsp;&nbsp; THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.803&nbsp;&nbsp; 5.847&nbsp; 27.263&nbsp; 1.00 22.23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 119<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; O&nbsp;&nbsp; THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.805&nbsp;&nbsp; 6.756&nbsp; 26.419&nbsp; 1.00 22.26&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 120<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; CB&nbsp; THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26.857&nbsp;&nbsp; 4.478&nbsp; 27.708&nbsp; 1.00 23.53&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 121<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; OG1 THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 27.581&nbsp;&nbsp; 5.698&nbsp; 27.276&nbsp; 1.00 23.39&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 122<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; CG2 THR&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27.750&nbsp;&nbsp; 3.260&nbsp; 27.496&nbsp; 1.00 23.71&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 123<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.316&nbsp;&nbsp; 6.023&nbsp; 28.470&nbsp; 1.00 20.81&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 124<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; CA&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.646&nbsp;&nbsp; 7.264&nbsp; 28.928&nbsp; 1.00 19.56&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 125<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.622&nbsp;&nbsp; 8.442&nbsp; 28.958&nbsp; 1.00 18.79&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 126<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 29&nbsp; O&nbsp;&nbsp;
 ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24.267&nbsp;&nbsp; 9.606&nbsp; 28.686&nbsp; 1.00 17.61&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 127<BR>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; CB&nbsp; ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23.015&nbsp;&nbsp; 7.064&nbsp; 30.281&nbsp; 1.00 19.62&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1SRN 128<BR></P>
<P>Thanks!</P>
<P>Albert</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>&nbsp;</P>
<P>&nbsp;</P></DIV><p><hr SIZE=1>
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