<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>
<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=windows-1252">
<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6249.1">
<TITLE>helices</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<!-- Converted from text/plain format -->

<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users!<BR>
<BR>
&nbsp;&nbsp; I performed a test run for two close, nearly parallel alpha helices with<BR>
26+26+NAC+ACE residues. The net charge of the system was just zero because of having only one ASP and one LYS residues. The helices were slightly shifted with respect to each other, and the header of the second helix was at a height of 1/3 total length of the first one (so 2/3 of both helices were close and parallel). The system was solvated by 620 SPC waters.<BR>
&nbsp;&nbsp; In performing the energy minimization, I used the steepes descent method, setting rlist, rcoulomb, and rvdw to 0.9 (nm).<BR>
&nbsp;&nbsp; Minimization stopped at 780 out of 1000 steps but did not reach the emtol=<BR>
100 limit. Reading the recent mails on this list, I was not worried. I started<BR>
a 200 ps MD run, and checked the .xtc trajectory in ngmx.<BR>
&nbsp;&nbsp; Ngmx starts displaying structures at t=0 ps, thus with the structure obtained as the output of the energy minimization. This is, at least, that I<BR>
presumed. Then I was very much surprised that the structure at that point was<BR>
close to a collinear pair of two alpha helices. I understood it that this structure was created by the energy minimization.<BR>
&nbsp;&nbsp; I performed an energy minimization of the original dimer structure using<BR>
the Sybyl package, as well. The system in this case consisted of about 1500<BR>
water molecules + the dimer. I used periodic boundary, TIP3P water molecules<BR>
and allowd 1000 steps with the conjugate gradient method. Although the two<BR>
energy minizmizations differ in some technical elements, but it does not explain for me the result: the dimer structure was pactically unchanged in<BR>
Sybyl after 1000 steps.<BR>
&nbsp;&nbsp; Then why did the GROMACS energy minimizer change (if it really changed, as I suspect) the relative positions of the two helices?<BR>
<BR>
<BR>
Peter Nagy<BR>
Dept. Medicinal and Biological Chemistry<BR>
The University of Toledo<BR>
Toledo, OH 43606 USA<BR>
pnagy@utnet.utoledo.edu</FONT>
</P>

</BODY>
</HTML>