
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=windows-1252">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6249.1">

<TITLE>editconf</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users!<BR>

<BR>

&nbsp; I used the command editconf in order to orient my system in principal-<BR>

axis coordinate system.<BR>

&nbsp; I typed:<BR>

<BR>

editconf -f conf.gro -princ<BR>

<BR>

and then got a strange out.gro file:<BR>

<BR>

Great Red Owns Many ACres of Sand<BR>

&nbsp; 503<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 2.899-36893488147419103000.000&nbsp; -2.954<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp; 2.894-36893488147419103000.000&nbsp; -2.934<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1ALA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp; 2.853-36893488147419103000.000&nbsp; -3.040<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .<BR>

&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; .<BR>

<BR>

You can see that there is a large negative number in the middle and this<BR>

number remains constant for all atoms, while the first and last real numbers<BR>

with three decimals change. Is this the correct form of the out.gro file<BR>

to be submitted to grompp (-c out.gro) for a further energy minimization? When<BR>

I did so, the energy minimization was not finished within a half hour on an<BR>

SGI workstation using steepest descent and 1000 step at maximum. Formerly, the<BR>

procedure lasted for some minutes even with 3600 water molecules in the system<BR>

<BR>

When the editconf is running, I see on the screen:<BR>

<BR>

new system size :&nbsp; 2.160&nbsp; 0.000&nbsp; 2.215<BR>

new center&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :&nbsp; 2.876-36893485948395848000.000 -2.617 (nm)<BR>

<BR>

The box vectors, angles, and volume reamins unchaged, as expected.<BR>

<BR>

The second value for the new system size is 0. Is it normal?<BR>

<BR>

Thanks, Peter Nagy</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>