
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">

<HTML>

<HEAD>

<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=windows-1252">

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.0.6249.1">

<TITLE>helices, again</TITLE>

</HEAD>

<BODY>

<!-- Converted from text/plain format -->


<P><FONT SIZE=2>Dear Gromacs Users!<BR>

<BR>

&nbsp; I apologize if experts are fed up with my questions, but I am a beginner<BR>

and would like to move ahead.<BR>

<BR>

&nbsp; I found a strange thing when I performed energy minimization. I created a<BR>

conf.gro file from the pdb input using pdb2gmx and also obtained topol.top<BR>

<BR>

Then I typed<BR>

<BR>

grompp -f emgas.mdp -c conf.gro -p topol.top<BR>

<BR>

(emgas.mdp file see below). The box vectors (bx, by, bz) in conf.out were<BR>

<BR>

Bx = 2.29, By = 4.74 Bz = 2.50<BR>

<BR>

As the result of EM, I obtained the confout.gro file. I compared conf.gro with confout.gro. The first column with real numbers (I assumed that they are<BR>

the x-coordinates) changed only by thousands of an nm (changes in the third<BR>

decimal). The difference of the third columns (z-coordinates) of conf.gro<BR>

and confout.gro was about 2Bz for the firs helix !!!. x and y coordinates<BR>

differed by about 0.001-0.005 nm for the first helix. When I moved to the<BR>

second one, then x changed in the two .gro's by up to 0.005 nm, now&nbsp;<BR>

y differed by &quot;By&quot; (it is not a joke with the word by, I meant the difference<BR>

was about By = 4.7 nm), and the z difference was reduced to 1Bz.<BR>

<BR>

&nbsp; Thus it seems to me that the coordinates were modified by 2Bz for<BR>

helix1, and by (1By + 1Bz) for helix2. Then I am not surprised that when<BR>

I performed an MD and checked the motion in ngmx, my double helix seemed to<BR>

have fallen apart. The very likely reason is a coordinate transformation<BR>

throughout the energy minimization. The minimization process itself probably works correctly, because the coordinate changes only by up to 0.01 nm, and the rude change is a consistent translation along the y and z axes. But what did cause it?<BR>

<BR>

&nbsp; For safety, I enclose the emgas.mdp file below:<BR>

<BR>

title&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cpeptide<BR>

cpp&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; /lib/cpp<BR>

constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<BR>

integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<BR>

dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps<BR>

nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<BR>

nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<BR>

ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<BR>

rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>

rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>

rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.9<BR>

;<BR>

;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<BR>

;<BR>

emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 100.0<BR>

emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<BR>

<BR>

<BR>

Thanks for any help<BR>

<BR>

Peter Nagy</FONT>

</P>


</BODY>

</HTML>